台北市好心肝診所8日遭爆開放「一般民眾」接種武漢肺炎疫苗，消息傳開後。台北市衛生局稽查後開罰200萬元，並終止疫苗配發；台北市長柯文哲也坦承在管控上有問題，表示認錯就好了會再加強檢討。而台北市藥師公會則批評，北市府放任部分單位不符合相關規定進行疫苗施打，令長期配合北市府規畫的團體非常寒心與不滿。而柯文哲第一時間對中央喊話需要疫苗，但除了記者會上的預估分配數量外，詳細的施打規劃、時間與地點無人得知，呼籲北市府說清楚。
國內武漢肺炎疫情延燒，雙北是全台疫情最嚴重的兩個縣市，柯文哲認為「疫苗不夠是主要問題」，疫苗變成稀有資源，大家才會斤斤計較、想方設法施打疫苗。而台北市藥師公會指出，柯文哲第一時間對中央喊話需要疫苗，從5月27日從中央分配到疫苗2.2萬劑，到6月1日再分配到5.6萬劑，總共累積7.8萬劑。
台北市藥師公會續指，在北市府例行記者會上，外界僅能得知2.2萬劑疫苗分配給專責醫院、快篩站、檢疫所、洗腎診所、專責旅館工作人員、消防、衛政、民政、支援醫護等的預估數量；5.6萬分配給地區及基層診所醫事工作人員、中央及地方防疫人員（衛生局、消防局、執行居檢居隔關懷工作人員及防疫車隊、防疫旅館等工作人員等）等的預估數量。除了記者會上的預估分配數量外，詳細的施打規劃、時間與地點無人得知。
台北市藥師公會表示，這段日子各類醫事團體都配合市府的規畫，協助醫事人員進行疫苗的批次接種，經台北市藥師公會溝通與民代偕同爭取，台北市衛生局才將肩負民眾用藥不間斷，及防疫物資補給重責大任的社區藥局藥師排入疫苗施打時程，遺憾的是，這次的爭取也僅能讓社區藥局藥師納入衛生局批次疫苗施打的規劃。
台北市藥師公會透露，該公會自五月中同步要求北市衛生局儘速排入疫苗施打時程的藥商（含藥妝）執業登記藥師，乃至社區藥局助理與行政人員，遲遲沒有得到北市政府積極回應。截至目前為止，台北市執業登記的藥師，仍有1400多名從未被北市政府納入疫苗施打時程的規劃；而擴大到社區藥局，則更有2000多名的藥局人員已登記，卻沒有機會施打到疫苗。
台北市藥師公會接著提到，8日夜間爆出某大型診所，由台北市政府分次提供共115瓶疫苗，任其違反公費疫苗相關規定，替民眾施打疫苗。這樣一面告訴醫事團體會批次完成執業登記醫事人員疫苗施打的同時，卻又放任部分單位不符合相關規定進行疫苗施打，令長期配合北市政府規畫的團體非常寒心與不滿。
台北市藥師公會強調，過去這段時日北市政府最嚴重的問題是，從未與轄內的各醫事人員團體說明及討論「台北市政府批次接種安排先後順序的邏輯」以及「台北市政府究竟何時要提供所有符合公費第一類的醫事人員皆有被施打疫苗的機會」。本會建請北市府重新檢討疫苗施打的規劃，也須公開說明相關避免重演此次事件的舉措，讓真正符合資格者，都有機會施打到疫苗。
