台灣武漢肺炎疫情嚴峻，連續六天本土確診病例超過300例。金門縣政府於23日公告，24日起搭機抵達金門的旅客必須提出3天內的新冠病毒核酸檢驗陰性報告，否則必須在機場當場快篩，若為陽性由救護車送到部立金門醫院就醫，但這項快篩令未向指揮中心正式告知及提出申請，經指揮官陳時中親自致電且多次溝通無效，指揮中心深夜發出新聞稿，宣布依法撤銷。
指揮中心指出，對於金門希望入境者皆要有陰性證明或接受快篩，並非不可以，但依傳染病防治法第37條第3項規定，對國內跨縣市移動採取人員進出的管制作為，或要求民眾強制普篩等，屬全國一致性重要政策，應依中央指揮官指示辦理。金門縣政府若有地方防疫的特殊需求，依法應正式提出計畫報請指揮中心，也可以在指揮中心每天上午與各縣舉行的全國防疫會議提出。
指揮中心續指，今年17日即發文各地方政府：「中央流行疫情指揮中心成立期間，若有需依傳染病防治法第37條第1項規定採行相關防疫措施，仍請貴府遵循傳染病防治法第37條第3項規定，應依指揮官指示辦理，以利整體防疫業務之執行」。疫情嚴峻時刻，全國一致提高至三級警戒，陳時中再三強調中央與地方應「標準一致、說法一致、腳步一致」的防疫原則，甚至親自致電溝通，要求金門縣政府依法提出申請但無效，於是依法撤銷。
指揮中心表示，檢疫政策的決定，依傳染病防治法第5條第1項第1款第1目規定，係屬中央主管機關之權責，地方政府應依中央主管機關決策，始得執行，而陳時中近日也公開宣示：「中央決策、地方執行」，所以這是權限分際的原則問題。避免各自為政，造成混亂影響整體防疫，為統一事權並維護法制，所以不得不撤銷金門縣違法公告。金門縣政府如仍有地方防疫特殊需求，依法應先完備法律程序，正式提出計畫報請指揮官指示辦理。
