移民署於101年實施自行到案機制，鼓勵單純逾期的外來人口主動投案，109年初新冠肺炎疫情發生後，為了避免非法外來人口隱身於社會角落，而造成防疫破口，更配合防疫政策，於當年4月至6月期間推動擴大自行到案專案，讓有不適症狀者，願意及時出面接受適當的治療及篩檢，期間並未發現確診案例，有效達到防疫目的。
依據入出國及移民法規定，收容非法外來人口是為了執行強制驅逐出國處分。移民署特別說明，自行到案機制並非是因為收容空間有限，而是對於有意願自行出國者，並不符合收容要件，而限令於一定期間內出國，此亦為各國非法移民管理常見的措施。另外，由於目前許多國家於疫情期間採取嚴格邊境管制措施，該署對於部分國籍人士也同意延長辦理出國事宜之期限。
為嚴格落實防疫措施，移民署早已完成各專勤隊防疫隔板等設備，受理自行到案過程，也都落實防疫指引進行清潔消毒及疫調工作，瞭解當事人在臺活動史，如果發現有發燒、呼吸道症狀等情形，則立即協助當事人就醫。
移民署呼籲，由於國內近期疫情嚴峻，目前正在推動安心採檢防疫專案，呼籲曾經出入萬華或周邊地區的外籍人士，若是有疑似新冠肺炎症狀，趕快到臺北市西園醫院、和平醫院、中興醫院及剝皮寮等4個快篩站採檢，免收採檢費用，限期內不會因接受採檢而被查處。此外，也鼓勵下載使用「臺灣社交距離App」，共同全力防堵疫情擴散。
