華航及諾富特旅館武漢肺炎群聚感染不斷擴大，目前共29人確診，含澳洲確診機師共11名機師、1名空服員染疫。台北市長柯文哲主張，疫苗施打順序有問題，機組人員應要在第一接種順位。對此，疫情指揮中心專家小組諮詢委員、台大感染科醫師李秉穎批評，若機組員接種排序比守住醫療量能的醫護更優先「真的會笑死人！」讓台灣變國際笑話。而柯文哲回應，如果再去問李秉穎一次，對方一定不會這樣說。

李秉穎表示，據他所知應該沒有任何一個國家將機組人員放第一接種順位，不論社區是否有疫情，都是醫護人員第一順位接種。因為現有多名航空機組人員染疫，才會出現機組人員優先接種的說法，但年初桃園醫院內群聚或去年林口某醫學中心院內感染，對國內防疫衝擊更大。醫護人員第一順位接種疫苗，不僅是為了避免醫護人員染疫，守住國內醫療量能，若醫護人員確診隔離，恐怕會造成第一線對抗疫情的醫院人力不足。

柯文哲6日晚間視察防疫旅館，被問到關於李秉穎稱，機組人員第一優先接種疫苗，會被國際笑死。柯文哲僅回答：「不會啦！你明天再去問他一遍，他一定不會這樣講。」並強調，若是在印度，當然是醫護人員第一優先，但台灣有特殊防疫模式，在過去一年當中，用防疫旅館跟居家檢疫當防線，因為台灣內部乾淨、外部才有感染病例。

柯文哲指出，如果一開始所有機組人員都是觀察14天，比照一般旅客當然沒問題，可是後來變成7天居家檢疫、7天自主管理，5天居家檢疫、9天自主管理，3天居家檢疫、11天自主管理。當時陳時中問說，怎麼一個月前不講？可是「這個被改掉，我也不知道，因為我只負責台北市，不曉得機組人員防疫模式、入境檢疫模式被改掉。」如果機組人員入境也是檢疫14天，當然沒特別危險，若改成3天居家檢疫、11天自主健康管理，情況不一樣，戰術要全部改變。

被問到會不會覺得中央錯估情勢？柯文哲重申，不要讓政治扭曲專業，他是醫學出身的，請去找將機組人員防疫規則更改的名單，有沒有醫學防疫專家的簽字位置？柯文哲稱「一定沒有」。至於怎麼看現在中央、地方對諾富特飯店的態度？柯文哲認為，防疫至少還要維持半年以上，有破洞就補起來，怪來怪去沒用，他說：「我態度是這樣，先把破洞補起來再講。」