因中油興建第三天然氣接收站計劃案而引爆的桃園大潭藻礁生態爭議，日前立法院衛環委員會邀請官員、環團會勘時因踩上藻礁，遭民進黨立委鄭運鵬發文譴責後，反使得總統蔡英文當年踩踏藻礁的照片瘋傳，鄭運鵬臉書也湧入大批網友砲轟。而鄭運鵬今（17日）於立法院質詢時也緩頰稱，藻礁能不能踩那是小事情。
就立法院衛環委員會考察大潭藻礁時，被鄭運鵬斥責「無法理解以保護為名，踩進去礁岸是什麼意思」，先是環保團體稱，穿軟底鞋踩上藻礁，是意義非凡的互動。國民黨也發動以蔡英文踩踏藻礁的照片反擊。
鄭運鵬上午於立法院經濟委員會質詢時，鄭表示，相關的能源、配比、穩定，這些才是大事情，反而藻礁能不能踩那是小事情，見仁見智，人少可以踩、研究可以踩，人多就不建議，「總不會到後來是變成，我不踩上去變我的錯，這個我被罵沒關係，反正政黨政治就是這樣，那是小事情，媒關係。」
鄭運鵬強調，政府要展現出，對於電力配比的態度是展綠、增氣、減媒與非核，這四大項他相信政府的態度跟環保團體是一樣的，但具體下去做就會有細項的不同；例如減媒、非核的目標，政府跟大部分環團的態度一樣，但對於分區或要不要有多迴路，環團有時會認為不用，這些部分政府要讓社會大眾清楚知道。
鄭運鵬接著提到，第三天然氣接收站在2017年環評通過的方案，就是因為政府認為不會破壞到藻礁生態，但就開發案有爭議的外海填區，政府主張不會影響到沿海的生態，但要安排公開、透明的場合與環保團體、藻礁公投領銜人收通，說明外海的部分到底有沒有生態、保育類動物的問題，以及會不會有影響，這是很科學的問題，必須在8月28日公投前說明清楚。
鄭運鵬強調，政府的態度就是，照政府的規劃執行，有迴避方案，絕對不會缺電，而且穩定，要有4個態度，給政府做「不會缺電、不會破壞藻礁生態、能降低空汙、完全不用核電」。對於鄭運鵬說法，經濟部長王美花也都認同稱，「是的」、「沒有錯」、「這是非常好的講法，也是我們的目標和做法。」
