隨著新冠肺炎疫苗研發持續進展，世界各國已陸續開始接種疫苗作業，但中國疫苗由於保護率明顯較其他已經批准的疫苗來得低，僅勉強達到WHO標準，效果堪慮，儘管如此，前總統馬英九仍呼籲不要拒絕中國疫苗，並拿自己任內所簽訂的「海峽兩岸醫療衛生合作協議」要求盡快推動。對此，前立委、醫師林靜儀找出協議內容中傳染病防治合作，質疑馬英九，當初發現不明原因特殊肺炎病人時，中國通報台灣了嗎？

馬英九不斷呼籲蔡政府，不要拒絕中國疫苗，本月12日，更曾以自己總統任內，所簽訂的「海峽兩岸醫療衛生合作協議」，強調應盡快推動。前衛生署長楊志良也提到，關於中製疫苗進口，可在兩岸醫藥衛生合作協定下進行合作。

林靜儀表示，為了中國製武漢肺炎疫苗，馬前總統和楊志良前署長拿「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」出來講，就不談協議位階不能超越法律，不能用協議做違反法律的事，她質疑，馬英九和楊志良一個是前總統、一個是前政務官，「不知道協議不能違反法律嗎？」，她進一步質疑，「如果覺得中國製血清製劑、人體疫苗可以入台，2008-2015年為什麼沒有修法？」

林靜儀提到，她找了協議內容出來看，哪裏有說「可以進口中國製人用疫苗」啊？她指出，在藥品安全管理及研發一條所談到的合作範圍是：「 雙方同意就兩岸醫藥品的非臨床檢測、臨床試驗、上市前審查、生產管理、上市後管理等制度規範，及技術標準、檢驗技術與其他相關事項，進行交流與合作」，她質疑，這樣可以解釋做「中國製人用疫苗可合法購入台灣使用」嗎？她認為，若真要解釋，還比較像是「讓台灣人幫忙中國製武漢肺炎完成人體試驗」。：

林靜儀認為，若回溯至此次釀成全球疫情的源頭，看傳染病防治的合作範圍就更清楚看到違反協議的是中國，因協議中提到，「雙方同意儘速通報可能或已構成重大突發公共衛生事件的傳染病疫情，並持續溝通及通報相關資訊。如接獲對方查詢時，應儘速給予回應與協助」，她反問，「請問國台辦與中共在台的好朋友們，2019年12月中國國內發現不明原因特殊肺炎病人時，你們通報台灣了嗎？」