原定在3月21日舉行的2021萬金石馬拉松，因疫情影響，新北市政府宣布將延至11月21日舉辦，若跑友不願意參加可於3月31日中午前申請全額退費，而這也是萬金石馬拉松因疫情第二次延期。

新北市教育局長張明文表示，本次馬拉松參賽人數達1萬6500人，由於人潮擁擠，無法落實全程佩戴口罩及保持1公尺安全社交距離，且因疫情嚴峻，許多國外好手無法前來參賽，因此決定延期至11月21日舉辦。

本次也是萬金石馬拉松因疫情第二度延期，原定去年3月舉行的萬金石馬拉松，當時疫情嚴峻因此宣布停辦，選手資格保留至今年，未料一年後疫情仍未好轉。

新北市府表示，若選手不願等待的可申請全額退費，退費申請時間即日起至3月31日中午12時止，可至官網或官方APP，登入系統填寫退費申請。至於11月馬拉松的防疫措施，新北市府則表示，會視當時疫情狀況調整。