因前台北市衛生署長邱淑媞而起的SARS議題期間台北市和平醫院的封院風波，延燒成時任台北市長馬英九與時任行政院長游錫堃的口水戰，對於誰該為封院負起責任，游錫堃再度抨擊當時馬英九的台北市政府完全沒尊重SOP辦理。馬英九今（27日）譴責稱，現在桃園醫院的問題這麼嚴重，他們怎麼有這麼多時間來打口水戰？這點讓他非常不以為然。
就和平醫院封院的舊帳，馬英九日前透過馬前總統辦公室發出聲明稱，當年的防疫決策模式跟現在一樣，都是由「中央下令，地方執行」。 對此，游錫堃駁斥稱，當年台北市和平醫院要封院前，台北市長馬英九並沒有向他報告，自己完全不知道，還要馬英九講話要憑良心。
游錫堃今也再度嗆馬稱，當年他幫馬英九解決多少事情，有什麼困難他都幫馬解決，但這些也都沒有對外說，他呼籲馬英九親自出來講點話，不然如果要繼續硬拗，他就要把資料拿出來。
馬英九受訪則說，2009年（疑口誤：2003年）的4月24日，中央衛生署有特急件給台北市政府，要立即封院。事實上，台北市政府原來已經也做了準備。台北市政府特別參加了行政院由副院長林信義主持的協調會，由時任台北副市長歐晉德參加，時任衛生署長涂醒哲也有參加，共同達成意見後，在行政院召開記者會發表共識，所以這（和平醫院封院）是一個中央跟台北市政府有共識的決定。
馬英九強調，這個決定證明了，如果不這麼做的話，將來（SARS）社區感染的程度會非常嚴重，所以他們很幸運那時候做了這個決定，否則真的不堪設想。
至於游錫堃的指責，馬英九表示，游錫堃剛開始是說，台北市政府當時沒有告訴游錫堃，這讓他們覺得很詫異，副院長林信義召開的（協調）會，游錫堃怎麼都不知道呢？這恐怕游錫堃自己要檢討。
