部立桃園醫院醫護染疫事件持續延燒，外界再度提起2003年因嚴重急性呼吸道症候群（SARS）將台北市立和平醫院封院之事，不少人認為時任台北市長的馬英九與衛生局長邱淑媞要負責，不過馬英九辦公室發布新聞稿反擊，當年的防疫決策模式跟現在一樣，都是「中央下令，地方執行」。對此，前民進黨立委林濁水嗤之以鼻，並找出過往的報導，證明當時北市承認封院有瑕疵，現在卻說錯在民進黨政府，他痛批真是亂七八糟。

由於桃園醫院感染擴大，疫情指揮中心指揮官陳時中下令將醫院全數列入紅區，前台北市政府衛生局長邱淑媞日前批評指揮中心嚴重欠缺防疫邏輯，引發爭議，也引發外界重提SARS和平封院一事。有媒體報導指稱，當年決定封院的元兇是時任台北市長的馬英九。

馬英九辦公室表示，每當外界討論過去的防疫經驗時，就屢屢有人拿「和平封院」轉移焦點。如今防疫迫在眉睫，希望各界尊重專業，勿以此噴政治口水，成為無良政客藉機政治操作的血饅頭，誤導大眾防疫認知。馬辦指出，防疫政策總是在困難當中取捨，如同部立桃園醫院的管制措施，也是不斷調整，以求盡善。

對此，林濁水今日表示，沒想到國民黨回頭找SARS事件做文章，朝野互攻，但是憑藉的記憶都有錯，他也找出當時的報導來佐證。林濁水說，在爆發SARS期間，由於自大的台北市，為了保護馬英九的「英明形象」隱匿疫情又腦發燒，自以為有了馬英九衞生局就強過衛生署，便抗拒更專業的衞生署疫管人員介入，但封院後沒有做好管控，以致一發不可收拾，直至真相揭露，在輿論壓力下才不得不承認要檢討。林濁水批評，現在反而認為錯在民進黨政府，真是亂七八糟。