去年《工廠管理輔導法》修正通過，為了保護農田不受工廠廢水汙染，將拆除中高汙染違章工廠，根據農委會資料，有300多家廠商遭查報，目前僅1家拆除。對此，經濟部表示若年底未拆除，將斷水斷電，環保署也計畫設置預警系統，即時監農田測灌溉水源中的汙染物質。

農委會主委陳吉仲表示，依照《工廠輔導管理法》在2016年520之後所建的農地工廠會「即報即拆」，而既有的低汙染工廠則可輔導延期20年。根據農委會資料全台已舉報超過300多家工廠，農委會與經濟部也進行勘查，其中49家勒令停工，斷水斷電已經超過14家，並有1家已經拆除。若年底前地方政府沒有完成拆除，經濟部將會斷水電。

而環保署也對農田汙染進行防治，環保署表示往年農田汙染多源自於灌溉水源，已對汙染農地進行長期的追蹤與整治，目前剩下1300多處，預計明年底將全數解除列管。為了加強防治工作，未來將設置監控系統，即時監測重要節點的水質，一旦發現汙染超標，便可時通知停灌或改灌。

環保署指出，台灣農田眾多，恐怕難以全面監控，將先針對高汙染潛勢、或曾遭汙染、當地仍有工廠的高風險農地進行監控，並每年篩選出100公頃農地固定監測，目前桃園、台中、彰化被列為優先監測對象，未來不排除考慮空氣品質監測模式，將灌溉水質資料即時公開。