台商對「反滲透法」有疑慮，陸委會指出，國人從事兩岸交流時，應注意遵守兩岸條例及相關規範，方能避免觸法。台商在中國大陸正常的投資經商往來及相關權益絕不會受到影響。

近來外傳，相關機關研擬「反滲透法」訂定施行細則，陸委會已公開說明，反滲透法母法並未授權訂定施行細則，因此，並無制定施行細則。針對適用問題，相關機關將持續研議違法或不違法的行為態樣及案例類型，供各界參考。

台商頻繁往返於兩岸，他們擔心一不小心可能違反「反滲透法」，海基會除持續聽取並反應台商的心聲，也會紀錄彙整台商的意見提供給相關機關參考。

陸委會也強調，「反滲透法」只針對5種不法行為予以規範，即受境外敵對勢力指示、委託或資助，從事違法捐贈政治獻金、助選、遊說、破壞集會遊行及社會秩序、妨害選舉罷免等，不會限制一般兩岸交流。