日本於本（9）月16日召開臨時國會，選出自民黨新任黨魁暨現任內閣官房長官菅義偉為第99任首相，菅首相並於同日完成組閣。外交部責請駐日本代表處第一時間代表總統蔡英文、外交部長吳釗燮、台灣日本關係協會會長邱義仁分別拍電祝賀，轉達台灣政府與人民的誠摯賀忱。

外交部發言人歐江安表示，菅首相擔任日本內閣官房長官期間，大力襄助安倍前首相推動友台政策，曾多次公開表示台日雙方共享自由、民主、人權、法治等基本價值，彼此是重要的夥伴與珍貴的友人，並表明支持台灣參與世界衛生組織（WHO），對台灣立場友好。

歐江安說，日本為台灣第三大貿易夥伴，台灣為日本第四大貿易夥伴；去年台灣有500萬人次訪日，日本是台灣民眾出國旅遊首選；日本也有200萬人次訪台，是台灣的第二大觀光客來源國。台日雙方互為重要鄰邦，且同屬印太區域重要民主國家，政府樂見並期盼未來在既有良好基礎上持續深化台日全方位實質合作夥伴關係，以維持印太區域的和平、繁榮及穩定。