九月第一週各級學校都已陸續開學，為防疫情教育部規定每天進校園要量體溫，所有需要進入校園的外籍人士也採實名制。雖然沒有政府強制學生戴口罩，但在校園難保能維持社交距離，就有家長反應還是有校方要求整天戴口罩，引發小朋友過敏，中央疫情指揮中心指揮官陳時中今（2）日回應：「會和學校溝通｣。

開學後，有家長反應校方還是要求學生整天戴口罩，引發小朋友過敏，甚至擔心長時間戴口罩會對年紀較小的孩子產生影響，造成不良發育。對此陳時中表示，目前沒有任何醫學報告指出戴口罩會影響發育，此點不需擔心，但會和學校溝通，還是以保持室內通風良好為主，做好防疫措施，不硬性配戴口罩。

陳時中也呼籲各級學校，教室及學習環境一定要保持室內通風良好，室內使用冷氣或中央空調搭配於教室角處各開啟一扇窗，每扇至少開啟15公分，保持通風，比起硬性要求學生配戴口罩更為重要。