日本沖繩縣石垣市議會6月22日通過石垣市所提將釣魚台地籍更名為「登野城尖閣」，牽動釣魚台主權的台、日、中三方的敏感神經，駐日代表謝長廷6日與台灣媒體茶敘時對此表示，他堅持釣魚台主權屬於台灣，但此事不要讓外界會聯想到台灣與中國聯手。
謝長廷說：「釣魚台列嶼主權我們是不會退讓的，我們堅持主權屬於台灣。台灣現在是中華民國，是一體的，所以說主權屬於中華民國也不衝突。主權的問題是基本的，我們各說各話，日本、中國都主張屬於自己的，但是一旦覺得主權有遭侵犯之虞，我們都會表達抗議。」
謝長廷提到，這次釣魚台問題再被討論，是有兩個背景，一是中國的公務船在釣魚台海域驅趕日本漁船；二是日本的石垣市議會通過更改釣魚台列嶼地籍名稱的決議。而這更改地籍名稱的議案，在石垣市議會尚未通過時，駐日代表處兩度向日方嚴正表達台灣的立場。對於國內有些人指他身為駐日代表為何「抗議」兩字講不出口，他澄清其實在石垣市議會通過決議後，駐日代表處有正式提出抗議。
謝長廷上個月22日在臉書上指出，1971年6月美國宣布把釣魚台列嶼和琉球交與日本管領，並於一年後的5月15日執行，從此日本有了事實管領權，這是歷史的一頁，但當時中華民國政府做了什麼抗議？謝長廷說，他遍查歷史紀錄，2年只有表示驚愕和遺憾，並重申主權在我的2紙聲明而已。
對此，謝長廷強調，他查過當時就是沒有用「抗議」兩字。他還說，駐外人員接受一些評論也是應該的，但他覺得此事不要讓外界會聯想到台灣與中國聯手。像是台灣有人原訂7月7日要出海保釣抗議，這都會讓人家有些聯想。
