磐石艦染疫事件發生後，國防部也更新了防疫SOP，分成3個步驟：隔離、回報、評估。

國防部副部長張哲平表示，在磐石艦多人感染武漢肺炎後，國防部檢視指令，做了更明確的規範。之後若發現身體不適的疑似個案，分成3步驟處理，分別為：隔離、回報和評估狀況。

張哲平說，若個案處於近距離可用飛機載運，假使嚴重到必須回來，且位在直升機也到不了的地方，會終止個案任務。