武漢肺炎爆發後，滯留中國湖北的台胞大部分已經回台。長期為此發聲的前總統馬英九今（27日）也於臉書發文表達心聲，認同台北市長柯文哲所稱「紐約比武漢更危險」，指控蔡政府因意識形態對湖北台胞有差別待遇，使得他們遭到民眾歧視，甚至被視為病毒。
馬英九發文稱，這段期間，他一再呼籲政府協助台胞儘速回國，遺憾的是，在政治考量下，政府採取明顯的雙重標準，使得台胞的返鄉之路漫長而辛苦。尤其是經上海搭乘「類包機」最為折磨，武漢距上海1100公里，大約是臺灣環島一週的距離，搭車要11個小時，類包機成了「累」包機。
馬英九表示，滯留湖北台胞自救會成員日前向他致謝，也告訴他，台胞非常認同政府採取嚴格的防疫措施，並且完全配合，但難以理解的是，政府對於從歐美等高風險地區回來的台胞或外僑並沒有採取同樣標準的防疫措施；更讓他們難過的是，因為政府的差別待遇，許多民眾也跟著歧視他們，甚至把他們視為病毒。
馬英九指出，從湖北搭乘包機與「累包機」回台的1435名台胞中，只有1人確診，僅佔台灣340多名境外移入病例中的1例，事實證明，滯留湖北台胞的傳染風險，遠比歐美回來的臺胞為低。有一位市長說「紐約比武漢更危險」，一點不錯。但政府卻把他們註記納入黑名單中，目前仍滯留於湖北的200多名台胞，還是無法自行搭機回臺，歧視仍然存在，「已經3個月了，政府為何還要這樣折磨他們？」
馬英九還稱，疫情總有結束的一天，台灣或許會創下耀眼的防疫成績，但在人權、人道方面，政府卻將留下不光彩的冷血紀錄「80天拒絕上千位國民返國」，這不但違反《中華民國憲法》第10條「人民有居住及遷徙之自由」，也違背《聯合國公民與政治權利國際公約》第12條第4款「人人進入其本國之權，不得無理褫奪」的規定；再次呼籲政府解除中國武漢最後200多位台胞的黑名單註記，還他們自由搭機回國的權利。
