海軍敦睦艦隊群聚感染武漢肺炎，至今28人確診，足跡遍布全台十縣市，引起社會恐慌，外界追究為何當初下船前沒有進行檢驗，究竟是誰下令直接把包括染疫官兵在內的700多人放行。支隊長陳道輝坦言自己只是遵從命令，海軍司令部與國防部卻都無法釐清，認為「應該是」艦指部的決定。而海軍軍艦屬於特殊船舶，卻引用漁業署的規範漁船的相關規定，也沒有徵詢中央疫情指揮中心意見，一連串的錯誤導致局面失控。

敦睦艦隊返回左營軍港，船上明明有人已經感染武漢肺炎，卻沒有檢疫就放人，究竟是誰下的命令？國防部長嚴德發22日面對立委質詢時表示：「敦睦艦隊是艦指部他們在執行，所以應該是，我們研判是艦指部來做的決定。」 一旁的海軍副司令梅家樹補充說：「按照指揮體系就是由上而下，他的上一級是艦指部。」

敦睦艦隊未落實檢疫就輕率讓官兵下船放假，誰要扛責，國防部沒有明確給出交代，認為「應該是」艦指部的決定。而敦睦支隊5月6日解編，目前僅有的復原小組外，相關學校單位、海軍樂儀隊、莒拳隊都由海軍司令部發文，建請所屬單位休假1週，司令部自然得負上責任，海軍司令劉志斌也自請處分，敦睦艦隊支隊長陳道輝少將、艦指部指揮官高嘉濱中將等兩人則調離現職。

另外，敦睦艦隊也被質疑，當初下船根本連基本「遠洋漁船入港規定」都沒達到。國防部副部長張哲平20日曾表示，海軍依循的規範是農委會漁業署的規範；而軍艦屬於特殊船舶，卻拿漁業法條比照，加上磐石軍艦3月23日開始多人有病徵，只在14日量完體溫後直接放人，根本沒落實「原船檢疫14日」，也沒有徵詢中央疫情指揮中心意見，導致確診官兵全台趴趴走，引起社會譁然。