海軍敦睦艦隊爆發群聚感染，恐成為防疫破口，使得各界紛紛究責，到底是誰允許敦睦艦隊在疫情期間出海執行任務。民進黨立委王定宇爆料，敦睦艦隊有進行訪問帛琉以外的「重要機密任務 」。但國民黨立委吳斯懷今（21日）受訪呼籲，國防部不應該被政治汙染太多，國防部應該第一時間跳出來，「請所有委員、名嘴閉嘴，不要講話。」
面對敦睦艦隊已有24人確診武漢肺炎，國防部應對態度卻失去國人信任。吳斯懷上午接受電台專訪稱， 國軍的危機處理好像螺絲鬆了， 出航期間有多少人就診、多少人有發燒症狀都有紀錄可循，艦隊3個船艦的軍醫都有就診紀錄，可以匯整起來或讓專案小組直接進駐左營，將資訊整理好一次對外公布，而不是讓媒體自己去打探，「像擠牙膏每天擠一些出來」。
吳斯懷建議，國防部可以緩個兩天，一次搞清楚，因為這件事情誰也瞞不了，有700多個官兵是瞞不住的，到時候一個一個調查總會浮現出來，應該完整報告後再完整披露，不要每天開記者會問一點才答一點，還答非所問、事後又改口，就會讓人產生懷疑。
吳斯懷也喊話，政府不能以切割的方式處理，叫國軍負責，更不能把染疫問題推到基層官兵身上 :「基層官兵、軍眷也是受害者」，總統蔡英文應該第一時間應關心國軍官兵及眷屬，把國軍官兵當成自己的兄弟、子弟，表現出「我是你們的靠山」，再來檢討「做決策的人」，因為基層官兵僅是執行命令而已。
另就王定宇於臉書緩頰稱，敦睦艦隊2月21日人員集結，台灣和帛琉距離2321公里，3月5日出發，3月12日抵達帛琉，用了7天多，可是回程是3月15日從帛琉出發，抵達左營軍港的時間是4月9日，用了25天多，這當中多了近19天的「額外航程」，據瞭解「額外航程」沒有靠港靠岸，「額外航程」是進行訪問帛琉以外的重要機密任務，這些海軍官士兵是在執行任務，不是連續假期去玩，不宜過度污名化遠航訓練，更不應該對這些海軍官兵獵巫。
對此，吳斯懷表示，這是涉及國家安全的事情，不僅國防部第一時間要跳出來，總統、國安會也要跳出來，因為這會影響跟邦交國、非邦交國與兩岸關係，這是國安問題 :「國防部不應該被政治汙染太多，是就是，不是就不是，這是軍人的氣節跟格局。」
吳斯懷表示，如果有，國防部可以坦承說 :「有，但這涉及機密任務，基於國家安全不能披露，也請所有委員、名嘴閉嘴，不要講話」，或可以客氣一點說「請大家不要揣測，這涉及國家安全」。
