自從去年底新冠肺炎爆發以來，就有輿論推測該病毒是「人工製造」，遭到惡意擴散，不過已經有學者在醫學期刊表示，病毒的特徵和結構等特性「不可能為人工製造」，再次反駁陰謀論。

根據BBC報導，今年2月權威醫學期刊《柳葉刀》刊出一份來自八個國家共27名科學家的聯署聲明，經過各國科學家分析新冠病毒基因組後，得到壓倒性的結論：新冠病毒和其他新興病原體一樣，源於野生動物。強烈譴責新冠病毒非自然起源的陰謀論。

國際《自然》期刊3月刊登了美國、澳洲、英國等專家共同撰寫的研究報告，指出病毒的特徵和結構，包括其重組受體結合域（RBD）及多合性切位點（polybasic cleavage site）在經過研究之後，沒有使用過人工合成方式的痕跡。

而病毒究竟從哪裡來，2月《自然》期刊研究指出，新冠病毒與雲南蝙蝠病毒株（RaTG13）的基因排序有96%的相似性，應該就是新冠病毒的天然宿主，不過兩種病毒的突刺S蛋白受體不同，病毒演化過程還有待研究。

中國華南農業大學2月7日宣佈，團隊利用廣東省森林公安局和海關在2019年3月至12月查獲的25隻馬來亞穿山甲，提取樣本後發現，其冠狀病毒與新冠病毒的S蛋白受體幾乎一樣，基因相當相似，因此推測穿山界可能是中間宿主，其冠狀病毒可能與雲南蝙蝠病毒株重組而演化。