武漢肺炎疫情自爆發以來，其源頭一直被各界認為是中國武漢華南海鮮市場。然而，根據中國中科院與北京腦科中心22日研究報告指出，就連華南海鮮市場的病毒也是從其它地方傳入。
根據《中新社》報導，中國中科院研究人員通過收集全球12個國家的93個病毒樣本基因組數據發現，這些樣本中共有58種單倍型，其中有兩種最為「古老的」單位型通過一個中間載體與蝙蝠身上的一病毒關聯。換句話說，這種病毒仍然是從蝙蝠身上傳出來的，但並不是由蝙蝠在華南市場傳開的。演化關係顯示，有一種叫「H3」的單倍型衍生出了「H1」，後者才是華南市場傳播的源頭，而H3本身與華南海洋市場沒有關聯。
研究人員也追蹤與華南市場無關的病毒發現，兩名患者分別是來自於廣東深圳的首例患者和美國華盛頓州的首例患者。他們都在2019年12月底到2020年1月初有在武漢旅行的經歷，感染的單倍型都不在武漢現有的樣本中。結論可以理解為這兩人是在武漢其它地方感染的病毒，這兩人感染的病毒要比華南海鮮市場更「古老」，說明在武漢其它地方同樣存在著病毒。
科學家指出，武漢肺炎病毒在2019年12月8日和2020年1月6日出現了兩次大規模的擴張，第一次擴張是在華南海鮮市場完成的，第二次擴張是第一波感染人群參加各種年會、聚會等造的。研究顯示，共有3個古老超級傳播者和2個新超級傳播者，其中一個超級傳播者同時是澳大利亞、法國和美國的傳染源，這個成果證實了超級傳播者未能及早隔離是蔓延的關鍵。
另外，美國癌症研究中心的貝德福德教授發布的基因研究成果顯示，病毒很可能最早來源於蝙蝠，這種病毒可能在20到70年前就傳給了另外一種哺乳動物。在武漢出現的應該是這種中間宿主帶來的，並不一定只來源於華南海鮮市場。國際權威刊物《柳葉刀》發表的一篇論文顯示，追蹤最早感染的9個病例研究顯示，其中8人與華南海鮮市場有關。但當時海鮮市場並沒有蝙蝠出售，從而可以證明這種病毒並非由蝙蝠直接傳給了人類。
