停泊在日本橫濱港外的鑽石公主號郵輪至今累計454起武漢肺炎確診病例，日本連日又發生社區感染疫情擴大，駐日代表謝長廷今（17）日主持緊急應變小組會議，作出「凡涉及國內防疫事務，代表處全力配合國內中央流行疫情指揮中心的各項決策」等4點指示。
謝長廷15日晚間在臉書貼文指鑽石公主號上的台人盼返國後免再隔離引發議論，外交部16日對這項說法和中央流行疫情指揮中心決策不一致，發布聲明致歉。
駐日代表處發布新聞稿表示，謝長廷今天主持「因應新型冠狀病毒疫情緊急應變小組」會議，親任召集人，會中作出的4點指示，包括「凡涉及國內防疫事務，代表處全力配合國內中央流行疫情指揮中心的各項決策」，另為安排鑽石公主號船上國人順利返國，積極與日本政府聯繫、溝通，解決困難，完成任務。
此外，因應日本已出現感染源不明之「本土感染」病例，雖屬初期現象，駐日代表處仍應加強館內防疫措施，凡至領務組申辦手續的訪客入館均要求須戴口罩、並設置酒精消毒液等供使用。最後，要求駐日代表處同仁及眷屬做好各項防疫措施，確保身體健康，才能做好保僑、護僑等重要工作。
謝長廷並將原「因應新型工作小組」納入指揮，由應變小組副召集人、駐日副代表蔡明耀兼任原「鑽石公主號疫情緊急應變小組召集人」。
