受武漢肺炎疫情影響，長榮航空一口氣宣布2月1日到2月29日前取消航班， 取消航點包括鄭州、上海、成都等532班次，長榮航空提醒旅客，前往機場前查閱班機實際到離，以掌握最新航班動態。
取消航點包含：桃園到鄭州、桃園到上海、桃園到成都、桃園到大連、桃園到太原、桃園到呼和浩特、桃園到青島、桃園到西安、桃園到桂林、桃園到天津、桃園到黃山、高雄到寧波、高雄到昆明、高雄到上海、高雄到杭州、台北松山到天津、台北松山到廈門、台北松山到杭州、台中到無錫等。
長榮航空表示，持有長榮及立榮航空國際暨兩岸航班且行程涉及大陸內地及港澳航班的旅客，可自2月29日前更改定位，可改訂出發日2020年05月31日（含）之前長榮/立榮航空國際暨兩岸航線航班，且與原開立機票相同之行程及訂位艙等，得免收價差／稅差及改票手續費一次。
若機票可使用效期已到，可於到期日後展延14天，而透過旅行社購買之機票，請先聯繫原開票旅行社協助辦理。
若要退票的旅客，以非自願退票辦理，退票免扣手續費，透過長榮航空網站購買的機票，可直接透過網站提出退票申請或請洽長榮航空訂位票務中心。
