對於中國武漢肺炎疫情在春假期間以迅雷不及掩耳的速度急遽升高，行政院長蘇貞昌今（30）天在院會聽取衛福部的報告後做了4點裁示，包括：(一)物資整備、(二)組織動員、(三)標準作業和(四)綿密防疫網，蘇貞昌強調，針對中國疫情流行期間，於坊間、網路流傳許多不實訊息者、未配合或嚴重影響政府防治措施者，應立即依法予以嚴懲，包括日前已確診的台商還到高雄市苓雅區金巴黎舞廳跳舞，且全程沒戴口罩，被高市衛生局依違反傳染病防治法，開罰30萬元，也是疫情爆發後首例被罰者，但外界質疑處罰是否過輕，蘇貞昌也要求法務部尋求相關法條加重處罰。
開工首日，衛福部上午到院會報告「嚴重特殊傳染性肺炎疫情現況及應變作為」，蘇貞昌在聽完報告後表示，世界衛生組織（WHO）已於27日將武漢肺炎提升為「高度風險」的國際公衛事件，並將中國列為「極高風險」地區。台灣不僅因為跟中國地緣位置接近，特別是兩岸間人民往來密切，疫情威脅特別嚴重，我們没有任何理由可以鬆懈。
蘇貞昌也提到17年前的SARS防疫經驗指出，我們已經學到：一是，即使關口嚴密檢疫把關，也無法全然杜絶新型肺炎病毒的入侵（因為有12-14天潛伏期，還有不少的感染者不會出現發燒症狀），所以從現在開始，就必須進入「全民防疫」；二是，病毒是不會區分行政區域及國度疆界的，當它發生時，需要的是全國步調一致的對抗，不能讓它有機會見縫流竄。因此，從中央到地方政府在防疫工作上，都必須全面戒備，中央機關與地方政府必須同舟共濟，縣市間也要通力合作，確實而縝密的執行，才能有效控制、撲滅疫情。
所以，蘇貞昌要求各部會及各地方政府首長做好面對「防疫視同作戰」的中長期準備，各就各的戰鬥位置，每個部門都要能夠守住自己的陣地，用正確的防護措施凝聚人心，結合政府與民眾的力量，齊力對抗這個看不見的敵人。
蘇貞昌強調，各部會與地方政府都應掌握「管理」與「管制」這兩個重要概念，切實做好相關盤點與因應措施。「管理」包含有空間、活動，各部會所管轄的場域、載具，比如醫院、學校、營區、娛樂場所、補習班等，以及即將到來的活動，開學、考試等，都要預先設想、研判，並隨時依據疫情發展，做好相對應的防疫措施。在管制方面，就是物資與人員，特別是與民眾最切身的口罩、醫療用品，一定要做好調配，讓民眾有信心也安心。人員出入境的掌握，居家管理措施，怎麼樣做到最有效率又精確，以及假訊息的防制，如何在第一時間遏止，予以嚴辦，都請各有關部會拿出辦法，一定要做到最好。
蘇貞昌今天進一步在院會中做了4點裁示，包括：(一)物資整備：目前在國內疫情尚未擴散，我們就要全力提升防疫戰備物資，例如過年前宣佈醫療用口罩停止出口、全力增產，就是為了做好萬全準備，為了守護國人健康，不論是防治非洲豬瘟，或者是武漢肺炎，「政府該做的，我一步都不退讓」，也請相關部會全力做好促請增產、防止囤積、漲價等管制作為。
(二)組織動員：中央及地方應即同時成立流行疫情緊急應變中心。除了中央召開跨部會、地方召開跨局處的防疫會報外，各部會還要針對自己所屬體系、各地方政府也要就所轄各鄉鎮市區長召開防疫會議，一定要整合各單位力量，全體總動員應戰。一步步從入境、交通工具、社區村里、校園、醫院、公共場所、弱勢族群，建立全民防疫網，才能有效控制疫情擴大。
(三)標準作業：1.各個縣市只要出現一個確診病例，就要立即進行溯源性的社區疫情調查，擴大監控，找出可能的感染源，衛福部要建立跨越行政轄區病歷調閱機制，以方便各縣市進行疫情調查，迅速查證病史。另從SARS的經驗，我們也已經知道，「防止院內感染」是第一要務，請衛福部務必督導各醫療院所做好感染控制，需要任何物資、人力、病床，都請全力做好調度。而執行居家隔離、防治社區傳染等方面，相關的標準作業程序，請內政部、衛福部及相關部會，均應立即周知各地方政府，並加以督導落實。2.為落實感染控制，針對蓄意隱匿病史、接觸史、旅遊史致生防疫漏洞者，以及無故不遵守居家隔離者，一律從重處罰。
(四)綿密防疫網：1.交通防疫—為有效防治疫病毒透過交通工具傳播，請交通部針對航空、船運、台鐵、高鐵、捷運、客運、公車、計程車等大眾輸業者，加強宣導並視實際需要執行相關消毒及配載口罩、量體溫等防疫措施。2.校園防疫—學校即將開學，請教育部擬妥「校園疫情通報作業準則」，使各校有所依循，並呼籲學生家長隨時注重孩子的居家環境衛生，透過校園體系進行家戶防疫衛教。3.弱勢族群防疫—由於老人的抵抗力及免疫力較弱，而獨居失能老人、遊民、外籍勞工、原住民、新住民等團體之防疫條件與獲取資訊能力相對較為不足，相關部會也要督導各地方政府，主動對這些族群加強防疫工作。4.公共場所防疫—若疫情持續擴大，針對民眾接觸頻繁且密閉的公共營業場所(如百貨公司、電影院)、公共設施與處所(如公用電話、公廁)及相關人員，也要請各有關部會與地方政府進行防疫宣導，必要時，實施防疫稽查工作。
蘇貞昌最後重申，針對中國疫情流行期間，於坊間、網路流傳許多不實訊息者、未配合或嚴重影響政府防治措施者，應立即依法予以嚴懲，讓民眾知道政府已做好萬全準備，將疫情對社會的衝擊降到最低，對政府防疫感到安心。
