攝取約10的7～8次方CFU個乳酸菌，有約10的5～6次方CFU個可到達腸道。特定菌株即便菌死了或僅只是代謝物，對健康仍有益處。財團法人食品工業發展研究所研究員陳慶源表示，目前普遍認為乳酸活菌1天總攝取量達10億個CFU即算足量，詳細仍須由產品包裝建議為主。
腸道內的常駐菌，在人體生理基本功能扮演了排除外來病原菌的重要角色，它們藉由吸附腸道上皮細胞形成一道保護層，以達到阻斷病原菌入侵的效果，並能與外來病原菌競爭腸道中的營養；最後，藉由腸道常駐菌代謝所產生的有機酸，或具有抑菌功能的抑菌素等，也達到抑制病菌生長的目的。
漂亮腸道菌相除提供免疫調節、胃腸功能改善、調節血脂、護肝、 調節血糖、減輕腫瘤化療毒副作用等，近期更有許多體重、抗憂鬱相關研究出爐，許多慢性病的發生，都被發現是長期腸道生理狀態不平衡所致。因此如何讓腸道留有漂亮菌相，成為了食品界最受矚目的發展。
想要好菌，我該從何獲得？
人體的大腸中有大量大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等壞菌，而乳酸菌之所以常被稱為益生菌，是因為乳酸菌可消化乳醣代謝產生乳酸，而這些乳酸正是壞菌的剋星，因壞菌不易存活於酸性的環境，所以設法提高腸內的乳酸菌量、營造出酸性環境，便可減少壞菌盤踞，達到「益生」目的。除了藉由改善飲食習慣，多纖維、少飽和脂肪、多喝水等可改善腸道菌相，若要直接補充乳酸菌進肚子裡的話，富含乳酸菌的食物其實非常少。
以較具代表性的泡菜而言，其所含的乳酸菌通常1公克僅含數十萬、頂多數百萬個乳酸菌，比起優酪乳、養樂多等飲品或乳酸菌補充性食品，其每公克所含乳酸菌為數千萬個，有些許落差。而若經口服，活菌進入人體扺達腸道的過程必須經過許多考驗，簡言之，胃酸、膽鹽、消化酵素等，對活菌來說都有一定程度的傷害。就算菌株活著到達腸道，也必須面對其他腸道菌的競爭，不一定能在腸道中定殖，不同菌種或菌株也會讓最終命運大不同。
優酪乳的菌 真的可以喝進腸道嗎？
舉例來說，保加利亞桿菌（Lactobacillus bulgaricus）和嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus）並不太能在腸道的黏膜表面定殖，僅能在有限期間內發揮效用。輔仁大學食品科學系教授蔡宗佑表示，廣泛來說菌株從入口到被排出約2周的時間，因此優酪乳通常得視產品攝取頻率建議來持續性飲用。
剛才提到不同菌株也會因特性不同而命運大不同，有些菌株即便少少的也能抵達腸道成功定殖，有些菌株可能對人體來說具備特殊生理功效，但同時卻很不耐消化道「摧殘」。因此優酪乳產品開發上便會選擇耐胃酸、耐膽鹽能力較強之菌株，讓可達腸道的乳酸菌數得以提高，也延伸出晶球等包埋技術，選用腸溶性包覆材料，讓吃下去的菌株到腸子才釋放出來，以保護某些生理功效較強但對環境耐受性較差的菌成功抵達腸道。國立臺灣大學動物科學技術學系教授陳明汝說明，攝取約10的7次方～10的8次方個CFU的乳酸菌，便有約10的5次方～10的6次方個CFU的菌可到達腸道。
財團法人食品工業發展研究所研究員陳慶源表示，目前普遍認為乳酸菌1天總攝取量達10億（10的9次方 ）個CFU的活菌數即算足量，唯獨各家優酪乳產品標示方式不同，菌數含量有以每「百毫升」為單位，亦有以每「毫升」為單位者，須注意其攝取量的計算。舉例來說，某一優酪乳產品每毫升含有千萬以上的活菌數，消費者飲用100毫升便可獲取10億個活菌！
菌死掉，優酪乳就沒效了嗎？
一般認為乳酸菌必須定殖於腸道並繁殖才具有效用，但也有些實驗顯示，停止攝食菌株後的幾週內，雖然菌已經消失，但短暫的定殖還是具有刺激腸道免疫系統的效果。有些優酪乳就算菌死了對健康的益處仍有效。舉例來說，乳酸菌細胞壁含有胜肽聚醣（peptidoglycan），某些抗過敏乳酸菌的細胞壁的特殊胜肽聚醣，能與人體淋巴細胞和巨噬細胞上的接受器結合而產生效果，所以即使菌死了，死菌的細胞壁仍然能活化免疫反應。
不僅某些特定菌株的死菌仍有效用，另有乳酸菌發酵過程的「代謝物」，例如發酵過程中釋出一些胜肽，在動物實驗中發現老鼠食用後，能使負責分泌 IgA 的 B 免疫細胞數目增加。另在某些發酵乳品中發現，L. helveticus 分解乳蛋白後產生多種胜肽，其中 VPP (Val-Pro-Pro) 與 IPP (Ile-Pro-Pro) 可抑制血管收縮素轉換酵素 ACE 的活性，達到降血壓作用。
但若該產品標榜活菌，則當溫度高於攝氏40度乳酸菌便容易大量死亡，盡量不宜加熱或脫離冷藏環境過久。菌死了，或是菌本身沒有特殊生理效果，其所代謝產生的有機酸也是對腸道有益的。不論效用為何，建議購買相關產品時須參照是否有健康食品認證，才能得知該效用是否通過科學實驗證實，並非菌數越多、菌種越多便是最佳選擇，另也須按照建議量與頻率持續攝取，腸道才會越來越漂亮。
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