對於前國民黨立委蔡正元稱前總統陳水扁曾推動兩岸和平協議，陳水扁今（30）日表示，他總統任內推動的是「兩岸和平穩定的互動架構」，從頭到尾沒提到「和平協議」，一大堆的前提和具體條件，蔡正元怎麼可以爭眼說瞎話公開說謊呢？至於所謂蔡正元指陳水扁叫蔡英文起草，扁也表示，他沒有叫蔡英文主委去起草，那是國安會秘書長要去召集相關部會開會討論的事。陸委會只是參與草擬者之一。
國民黨前立委蔡正元昨日在臉書表示，「第一、兩岸和平協議最早是由陳水扁提出的建議；第二、陳水扁的和平協議沒有具體條件，韓國瑜的和平協議是有條件的；第三、大陸只要同意「一中兩席」，讓兩岸都可以加入聯合國，韓國瑜就可以簽和平協議；第四、陳水扁那個沒有條件的和平協議是蔡英文起草的方案，很不可取」。
對此，陳水扁表示，阿扁總統任內推動的是「兩岸和平穩定的互動架構」，也拿來全民防衛性公投。從頭到尾沒提到「和平協議」，一大堆的前提和具體條件，蔡正元怎麼可以爭眼說瞎話公開說謊呢？難怪蔡總統說蔡正元的話，聽聽就好，不用信。
陳水扁也引他第三本獄中書《1.86坪的總統府》的文章回覆說，2004年2月3日，他召開國際記者會，就兩岸「和平穩定的互動架構」及320和平公投的內容與意涵向全世界及國人做報告說明。
陳水扁說，台灣首次全國性的公民投票第二票是「你是不是同意政府與中共展開協商談判,推動建立兩岸和平穩定的互動架構,謀求兩岸的共識與人民的福祉？」
陳水扁說，他舉了以埃1978年「大衛營協定」、及1979年「和平條約」: 以約1993年「雙邊和平談判共同議程」、1994年「和平條約」、及1991年朝鮮半島的「兩韓間和解、互不侵犯、交流合作協議」為例，說明這些和平架構有關協議,都具有「雙方互不隸屬」、「和解決争議」、「尊重相互主權」、「政治獨立即和平生存權利」，均有不同程度的客觀力量參與協助與監督的共同特色。
陳水扁說，因此兩岸對等談判必須依循「一個原則、四大議題」來進行主權爭議，在和平及排除軍事威脅的前提下，承諾不以片面方式改變台海現狀。在四大議題方面：第一大議題是「建立協商機制」，包括由雙方指定代表，在雙方領導人直接授權指揮之下進行會面、溝通、建立直接溝通的管道。第二大議題是「對等互惠交流」，包括互設聯絡辦事處，相互承認法律及司法判決,提供司法互助。
陳水扁說，第三大議題是「建構政治關係」，包括相互承認管轄權、互不阻撓外交事務之進行及國際組織會籍問題與雙方於國際社會中的互動法則。第四大議題是防止軍事衝突，包括非軍事區的劃定、避免軍事衝突的具體措施、軍事及經濟封鎖的禁止、軍事演習的範圍與應遵循的法則,及設立中立客觀的監督委員會。
陳水扁說，該兩岸和平穩定互動架構，是國安團隊包括行政院、陸委會、國防部、外交部⋯等相關單位共同討論修正，最後提報總統也是國安會主席阿扁修飾核可才對外公布的。阿扁沒有叫蔡英文主委去起草，那是國安會秘書長要去召集相關部會開會討論的事。陸委會只是參與草擬者之一。
