針對「蘋果日報」批評總統府昨日公佈的國安私菸初步調查報告，未提供涉案者名單等，總統府今日反擊，指稱他們是依據法務部訂定「政風機構執行行政調查作業要點」規定辦理；作業必須嚴守「不影響案件偵查」及「不違反刑事訴訟法偵查不公開原則」原則；「蘋果日報」 顯然對作業要點等相關司法程序與規定過於陌生的誤解
總統府表示，「蘋果日報」今天以不具名報導，稱總統府昨由發言人說明違法私菸案行政調查進度時，有所謂未說明涉案者名單、未提供過去購菸名單、未指出下令者等等「避重就輕」、「擠牙膏」等無端指控。「為免錯誤訊息誤導，茲說明如後」。
總統府指出，他們及國安局政風單位所進行的行政調查，是依據法務部訂定「政風機構執行行政調查作業要點」規定辦理。依照規定，行政調查主要在釐清相關人員行政責任，相關調查的啟動，是經檢察官同意，並作業必須嚴守「不影響案件偵查」及「不違反刑事訴訟法偵查不公開原則」原則。
總統府表示，以本案行政調查為例，專案小組從涉及人員的訪詢自清，以及就起獲相關資訊勾稽比對，全面釐清本次涉及吳宗憲等利用元首出訪私菸案中，包含人員涉入情節、違法樣態、包含訂購運送等運作細節以及歷來違法情形沿革等。行政調查所獲得事證資訊，除全數交司法單位偵辦，並隨即就調查情形，完整向國民報告。
總統府指出，「蘋果日報」這項未具名的報導逕以行政調查未揭露人員名單等指控府方，顯然是對「政風機構執行行政調查作業要點」等相關司法程序與規定過於陌生的誤解，事實上本案相關行政調查資訊將全數交司法單位進行偵辦，檢方也會依照偵查進度適度向外界說明，沒有所謂避重就輕，類似的無端指控，對本案的事實釐清，並沒有幫助。
