私煙案爆出後，如何處理，顯然是各有心思與鬼胎。因此，在輿論上形成非常複雜的爭議。怎樣觀察與處理這個問題，說難也難，說易也易，端看你站在什麼立場。
由於出事的是國安局，是處理國安事務的重鎮，因此不論朝野，應以國安問題為重來處理這個問題，摒棄個人與黨派的私利與私見。
不論程度如何，這是一件弊案不容置疑，而且發生在國安局，因此被揭發出來，不論動機為何都是好事情，大家都應該抱著歡迎的態度，不應該因人廢言。試想想，如果事情在共軍攻打台灣的前夜發生，會是多可怕的局面。即使從民進黨的角度來看，如果發生在選舉投票的前夕，傷害又會多大？因此，後續問題就在當局能否妥善處理這件事情。
這件事情爆出，人們也不必太驚訝，台灣的國安長期處在失能狀態，若干重要諜案的破獲是來自美國提供的情資；今年年初以前，共諜來台灣如入無人之境，就是因為相關國安主要幹部處在「能混就混，能撈就撈」的狀態中。私煙案就是能撈就撈；其他人就是知道，也事不關己，高高掛起，則是能混就混。因此弊案揭露出來，就是整頓的好機會，不但要讓國安部門正氣抬頭，對其他部門與國人也是普及性的教育。如果處理得當，有助整頓公務員的風紀，扭緊公務部門的螺絲。
然而當局在處理中也出現敗筆，那就是蔡總統將此事定為「超買」案，不知是擔心影響國安局的士氣而「大事化小」，還是某些幕僚的餿主意。所幸執政團隊也有清醒者，例如交通部長林佳龍在了解涉案的華航情況後，敢於唱反調認為是走私案；拋開了黨派利益，認為有錯就要認錯。蔡總統也很快出來道歉，挽回不良影響。
但是事情還未了結，就是拔除幾位主要官員也未了結，那就是事情的真相為何？傳說吳宗憲供出50人的名單，只是這50人，還是只是50個人頭？主使者是誰？還有即使沒有參與，然而知情不報者，向暗黑勢力低頭的又有多少？其中，必有位高權重者。
國安重鎮必然是過去黨國勢力盤踞之所在，雖然歷經民主化與三屆的政黨輪替，因為是「隱蔽戰線」而又像「獨立王國」而難消除其餘緒。也由於涉案人很多，難免影響軍心，因為就是未涉案者也會擔心被捲入，而涉案者該如何被處理，心裡也會七上八下，這些都會影響當前的工作。新出任國安局長的邱國正如何將鐵腕與安撫並行使用，令人注目。
走私是違法行為不言而喻。小時偷針，大時偷金。現在可以為小利走私，將來會不會為大利而賣國？這是人們最關心，而且要求嚴懲的原因。然而如果沒有調查出其他更嚴重的罪案，由於涉及的人太多，因此辦案時必須嚴格區別對待，有些人因為「積非成是」而墮入此案者，應該抱著治病救人的態度給予挽救；尤其對主動配合辦案的，更應該如此，甚至給予適當鼓勵，以便更容易釐清真相，避免因為此案導致機構的癱瘓。然而對頑抗而阻礙辦案進行者，則必須嚴懲，才不會陷入縱容包庇的泥坑導致此案不了了之而無法振衰起弊，那將大失民心。
對於揭弊者，我們應該給予肯定。然而也應避免無限上綱而增加辦案的困擾，尤其不要因此而加劇黨派之爭。
總之，私煙案事關台灣國安，一切以有利於台灣的國安為重。這是台灣面對中共吞併的大局，大家要顧好。
