大巨蛋爭議連連，台北市政府主張遠雄違反規定未按照設計圖施工，勒令其停工至今已4年。遠雄不服市府要求便提起行政訴訟，要求撤銷處分，最高行政法院認定北市府處分並無違誤，判遠雄建設敗訴定讞。對此，台北市長柯文哲今（1）日表示，這本是預料中的事，但我們也不會刁難，就重新申請建照復工。
2015年5月，台北市政府經過督審、環評後，主張遠雄未依照設計圖施工，恐有安全疑慮，因此勒令停工。遠雄不滿市政府處分而提起行政訴訟，上訴後，最高行政法院昨天認定遠雄敗訴定讞。台北市長柯文哲說，這本來就是是預料中的事。
柯文哲接著說，按圖施工被判停工這本來就合理，重點是要解決問題，現在有兩個方案，一個是按圖施工，不過那已經不可能，連柱子都不一樣，所以變成遠雄要重新按照目前的狀況申請一張建照，這建照一樣，防火避難性能審查已經審過，現在就是都審跟環評，就是按照程序。
柯文哲強調，大巨蛋案受到社會關注，因此作法很簡單，每次在做都審、環評就公開透明、網路直播，「我已經聲明很多遍，不會放水，但是我們也不會刁難你。就重申申請建照然後復工。」
大巨蛋正施作14項公共安全工程，距離全面復工仍有三關，包括都審、環評、建照變更。遠雄發言人楊舜欽表示，目前未收到判決書，但會尊重判決，待了解判決內容再來討論，判決不影響後續巨蛋審查，修繕工項也會按照工進持續進行，仍以履約完成建照變更做為和市府雙方努力的目標。
