獨派團體到底是支持蔡英文總統還是前行政院長賴清德代表民進黨參選2020總統？可以說很煎熬且呈現分歧狀況，這個現象還在變動當中。
獨派團體對於民進黨本來就有一番愛恨情仇的滋味，實踐獨立建國、對抗中國護住台灣主權，是這些團體的終極目標。不過在蔡英文當上總統之後，很難給予上述承諾，其中喜樂島提出「獨立公投，正名入聯」的目標，希望通過宣揚和實踐公民投票，向全世界展現台灣政府的立場與態度，但民進黨中常會卻通過決議，不得參加喜樂島的活動，尤其不能和喜樂島的小胖卡車合照，可以說把獨派團體氣炸了。
獨派團體與民進黨存在記愛又恨的依存關係
有關獨立建國這個目標，不僅蔡英文這一任，陳水扁時代也是如此，獨派團體與民進黨為此一直存在著緊張又依存的關係。
這次總統參選，首先獨派人士李遠哲、彭明敏、吳澧培、高俊明等4人在平面媒體向蔡英文開出第一槍，呼籲蔡英文總統不要連任，緊接著，稍後民進黨歷經驚濤駭浪的立委補選後，賴清德強調為了台灣這塊土地和使命，他願意跳出來承擔，決定和小英競爭2020總統提名。
從此之後，獨派社運團體的態度支持誰，變得至為重要，不過這些獨派團體包括台灣獨立建國聯盟、台灣教授協會、自由台灣黨等多個獨派團體，共同召開記者會，呼籲面對中國空前的威脅下，民進黨內總統初選不應過度廝殺，應團結抗中，以免失去本土政權。
陳南天：不能網內戶互打 失去合作基礎
台獨聯盟主席陳南天表示，賴清德投入民進黨總統初選後，就存在很大的裂縫，蔡總統與賴清德雙方陣營應該針對真正的對手發揮，像是鴻海董事長郭台銘或高雄市長韓國瑜等潛在國民黨參選人，而不是兩邊互相攻擊，造成未來沒有合作的基礎。他強調，他們不是支持某一個人參選，是支持以台灣主權為競選主軸的候選人。
台灣教授協會副會長陳俐甫則說，贏了初選不一定就會贏得大選，民進黨應從去年的高雄市長選舉中得到教訓，初選激烈，把其他競爭者排除，但是卻在最後的選舉中被韓國瑜翻盤。民進黨應直接提出更好的政見並與其他政黨可能的候選人相互批判，才是良好的黨內競爭，現在延後初選等紛紛擾擾，是壓縮民進黨對抗國民黨的時程。
獨派團體多數持開放投票
台灣社昨天舉辦｢全民反併吞、護主權｣ 記者會，該社有發函各政黨全部準總統候選人（蔡英文、賴清德、韓國瑜等人）希望他們參加，但是結果只有賴清德出席這個個記者會，但會中作家吳祥輝辱罵蔡英文總統「政治X婦」引發爭議。
同一時間，總統府資政李明亮和中研院院士廖運範共同發起「請以最強組合延續本土政權！」，連同45位本土、獨派學者專家發起連署促「蔡賴配」。
截至目前為止，獨派團體除了若干個人公開支持蔡英文和賴清德，以團體為名公開支持特定人選也在少數，最大尺度是促成「蔡賴配」。講白了，獨派及社運人士就算內心已經有特定支持對象，不過表面上還是蠻算節制的，因為不管誰獲提名，面對國民黨的提名人，能否獲勝當選總統，才是重要關鍵。
簡單講，這次獨派團體到現在為止，採取開放投票態度居多，畢竟維護本土政權，不要讓中國併吞台灣才是最終目標。
