全台多達7400多家農地臨時工廠將於明年6月2日登記到期，行政院會今（28）天通過《工廠管理輔導法》部份條文修正草案，採「不新設」、「不污染」、「不危及公安」3大原則，2016年5月19日前低污染的既有未登記工廠，應在2年內申請納管，每年繳交納管輔導金；且需在施行3年內提出工廠改善計畫，改善期間2年，最遲10年內應取得「特定工廠」登記。至於中高污染工廠則應輔導轉型、遷廠或關廠，拒不配合者，地方政府未執行時，中央機關得逕予依法停止供水電並拆除。

其中，草案第28條之5要求未登記工廠在2年內必須先申請納管，並向政府請求協助就地輔導，地方政府就會通知納管，先前已配合政府辦理臨時登記的工廠將優先輔導合法；修法後3年，業者須自行提出改善計畫，修法通過10年內，必須取得「特定工廠登記」。 

另草案第28條之10，讓未來取得特定工廠登記的業者可以依規定取得土地合法使用，群聚地區優先採新訂都市計畫或開發產業園區規畫處理；草案第28條之2也新增「吹哨者條款」，鼓勵民眾檢舉2016年5月20日之後新增或之前已存在的高汙染工廠。地方政府須在6個月內擬定未登記工廠管理輔導計畫，並與經濟部會商跨部會擬定執行方案。

經濟部表示，有鑒於臨時工廠登記展延免罰期限，治標不治本，應該尋求徹底解決之道；而全國農地約有1.4萬公頃的違章工廠，據推估應登記而未登記者有3.8萬家，不予以納管，將無法保護環境，也對經濟發展不利。

蘇貞昌對此裁示，為了讓產業安心拚經濟，土地得到保護，環境得以永續發展，這次修法規範農地不可新設工廠，既有的工廠不得汙染、危及公安，至於未登記工廠以「全面納管、就地輔導」的原則處理，以達成「拚經濟、護就業、顧環保、守農地」的目標。