反核食公投案已高達779萬票的票數通過門檻，日本外相表示，這會增加台灣加入「跨太平洋夥伴全面進步協定」（CPTPP）的困難度。工商團體認為，恐怕影響台灣國際空間，不過，相信政府會以智慧解決僵局。
日本外相河野太郎表示，台灣盼加入跨太平洋夥伴全面進步協定（CPTPP），但變成這樣的情況無法加入，感到非常遺憾。
在選前，國民黨立委曾銘宗曾經表示，台灣若開放日本核食，不僅會引發國內反彈，日本又在中國官方壓力下，最後仍無法加入CPTPP，恐怕什麼都沒得到，還失去民心。如今，反核食公投案的通過卻也成了無法加入CPTPP的最後一根稻草。
工商協進會理事長林伯豐說，台灣應該制訂科學標準，如果食品符合就允許進口，與中國關係不能改善，又跟日本關係僵持，必會限縮台灣國際空間，「政府應該要用聰明的腦袋想一下」。
至於中國在台灣「反核食」通過後，允許進口新潟稻米，被解讀為政治操作，林伯豐則說，台灣的公投是台灣的事情，中國要進口日本農產品是依循中國政府的標準，不用對此有過多政治解讀或是擴大解釋。
中華民國全國商業總會理事長賴正鎰認為，「反核食」公投是由台灣全民決定的，台灣應該不會因此而無法加入CPTPP。
而與林伯豐的意見略同的是，他也認為應該明定進口標準，受到輻射影響的食品不允許進口，但若產地離核災地區非常遠，應可允許部分進口。
對於公投通過所帶來的後遺症，他說，要兼顧健康問題以及經濟其實對政府來說也是兩難，但相信政府最終一定會用智慧解決化解問題。
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