九合一大選綁公投雖然落幕，但當天弊端四起，各界爭議不斷。事後，針對亂象，立法委員會邀請行政院秘書長、中選會、內政部等部會進行專題報告，並質詢問題所在。日前，中選會檢討報告公布，坦言確有疏失，不僅三成工作人員不熟悉選務加上各地投開票所不足才會有後續的問題產生。
報告中指出，此次選舉因應工作量增加許多人力，可是，其中超過3分之1的工作人員首次參與選務工作，處理及因應問題上不熟悉，而選務工作複雜，工作時間又長，使得效率不高，無法盡速遵照標準作業流程。中選會表示，未來將強化相關人員的教育訓練。
報告也指出，各縣市投票所設置地點在8月中就確定了，但全國性公投案的第7案至第16案卻於10月中才公告成立，距離投票日僅1個月餘，有些投票所空間不足，設置圈票處遮屏的數量有限，而短時間內也難以增設投票所，加上公投案過多，民眾投票時間長，導致各地在投票當天大排長龍的問題。
中選會表示，依據公投法第23條規定，主管機關應於公投案公告成立後1個月起至6個月內舉行公投，該期間內有全國性選舉時，應與該選舉同日舉行，因此才會發生公投案過多的情況。記取這次的經驗，中選會將研議檢討公投舉行時間，並提出修法建議，也將下修每個投票所選舉人數及投票權人數。
中選會表示，以後的選舉將會合併舉行公投，但針對公投案件的數量增加，會將討論簡化公投投開票作業流程，當然也包括檢討投票所動線、有效分流方式、公投票印製及開票方式，以免再次發生本次選舉的亂象。
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