行政院長賴清德今（29）日在院會中表示，這次選舉在投票當天引發嚴重民怨，開票作業也延至翌日凌晨3時才完成，中選會事前未能規劃周延、事中未能有效因應並加以排除，造成國人不便，該會主委陳英鈐雖然已請辭負責，中選會仍應深刻記取這次經驗，聽取社會各界意見，就這次選務工作的執行面與法規層面，進行徹底檢討、亡羊補牢，該修法即應儘速修法，並於一個月內提出逐項改進作為。
賴清德首先恭喜新當選的縣市長，透過民主程序得到選民支持，可以在為期4年的任期施展抱負，為推動城市繁榮及服務人民來努力。他說，這次投票為歷來規模最大、選務作業最複雜的一次，所有投入選務工作的同仁都非常辛苦，他還是要再次表達感謝之意。
但賴清德認為，未來選舉合併公投舉辦勢將成為常態，因此，請中選會重新檢討整個選務作業，並於一個月內提出逐項改進作為，包括：公投案從查驗連署，應避免死人造假連署；公投主文設計、到公報刊登內容，合理的辦理時程，以及兩種投票程序同步進行的有效分流方式；另外有關社會的各項建言，均應做為下次選舉的妥善因應。
此外，賴清德也請中選會應負責研提未來公投採電子投票，並非「網路投票」的可行性，也請國發會與相關部會協助。政府應該要開始推動，但未設定期程在下次選舉就要進行，而是在確保公平、公正、公開的前提下，提供另一種可行的途徑。
賴清德強調，這次公投多項議題與行政院刻正推行的政策相關，行政院尊重公投結果，同時也會負起責任，就牽涉立法及行政部分，持續與國會執政黨團充分討論，即刻啟動各項政策檢討，並依據公投法第30條相關法定程序規定，儘速完成後續相關工作。未來相關行政部門在公投進行前，也要負責任的讓社會大眾清楚瞭解公投議題的內涵與政府部門的態度，使全體公民對公投議題能有更充分的討論與思考，讓公民投票成為一種由人民做主、「人民直接行使創制、複決權」的成熟民主制度，以取代政黨間對重大議題上的對抗。
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