對於這次外界質疑臺北市選委會在三合一選舉的選務作業流程，北市選委會今(28)為第一線選務人員抱屈，北市選委會表示，第一線選務人員工作時間長且沒能好好休息，過程中如有疑問也都需經過主任管理員、主任監察員確認核章，才導致外界認為票數統計時間較長，這是全國統一的作業流程，北市選委會特別強調，台北市也非當天最晚完成開票及登錄作業的縣市，但「如何縮短確認時間」已列入往後精進的項目之一。
北市選委會表示，投票當日從上午5時起，第一線選務人員陸續領票到各投開票所待命，直到選民全部完成投票，工時平均都超過20小時，期間連用餐都是速戰速決，在極度疲累狀態下，仍須戰戰兢兢繼續開票，到結束所有的作業，實在不忍再苛責一線選務人員。
對於開票統計時間冗長，北市選委會解釋，這是依照中選會的標準作業流程，投開票所一旦開完票，須將計票報表送回區計票中心，區選務中心校核報表時，如有疑問，必須與主任管理員、主任監察員確認核章後，才能輸入系統，再加上本次為三合一選舉併公投，才導致外界認為開票統計時間太長。選委會強調，這是全國一致的作業流程，臺北市當日也並非最晚完成開票及系統登錄的縣市，未來也會加強「縮短確認時間」的措施。
為因應人潮過多問題，北市選委會說，當天已啟動緊急應變措施，除在各投開票所場地允許的範圍內增設圈票處及加派預備人力激動支援外，也定時巡查確認排隊民眾是否有跑錯投開票所的情形，並回報現場狀況。但因公投的投票作業程序已經公告，無法調整，才導致紓緩投票人潮的效果有限。
北市選委會也認為，選務工作的公正性不容置疑，各區設有選務中心，投開票作業由各投開票所獨立辦理，各投開票所都有4名監察員，都是由各政黨推薦及社會公正人士組成。選舉業務必須依照中央選委會的規範辦理，將會針對這次選務經驗整理相關建議，提委員會報告後，正式向中央選委會提出。
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