針對此次通過的7項公投案，行政院長賴清德今（26）天表示，政院將遵守3個原則處理，一、尊重公投案結果，二、由於公投案牽涉立法與行政，行政院後續將與國會執政黨團討論，三、依照公投法第30條處理公投。賴清德強調自己正面看待公投結果，「我是民主萬歲的人」，過去朝野各執立場，造成國家停滯不前，現在有公投可以解決爭議，固然是好事。
公投法修正後首度舉辦公投，共有10個公投案合併九合一大選投票結果出爐，公投法通過門檻為同意票大於不同意票，且同意票達493萬多票，而國民黨所提出的反空污、反核食、反深澳電廠公投的同意票都達700萬以上；下一代幸福聯盟提出的愛家3公投所獲得的同意票也在600萬以上；以核養綠的同意票近600萬，共有7個公投案通過。
其中，對於第16案以核養綠公投通過，是否會影響民進黨2025年非核家園的政策，對此，賴清德說，會依照公投法第30條處理，在中選會公告公投法案3天內，電業法相關條文就會失效，行政院會把廢止條文送交立法院，完備公投結果。
另依據大法官釋憲第748號解釋，同性婚姻將在明年6月上路，但由於反同公投案的通過，行政院是否可能訂立專法解決，賴清德對此則不回應。
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