台大今(12)日召開教務會議，要決定是否重啟校長遴選，最後做出表決，台大表示教育部應該尊重大學自治結果，並呼籲教育部發放管中閔聘書，對此，教育部回應，台大校長遴選過程中的瑕疵並非幾個校務會議就能獲得補正，並提醒台大於5月4日函文意見促請遴委會重啟遴選程序，補正瑕疵。
教育部指出，台大臨時校務會議表達出儘速處理校長聘任案的嚴肅期盼， 這與目前教育部以符合正當行政程序原則，要求儘速重啟臺大校長遴選程序， 所做的努力並無不同。但更重要的是，重啓遴選程序補正瑕疵，能成就遴選公平公正，平息校園紛擾的現象。
教育部表示，有關國立大學校長遴選作業，依大學法第9條及其授權訂定之國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法規定，由遴委會獨立自主精神執行遴選作業。大學法第 1 條明定，大學在法律規定範圍內享有自治權，對於國立大學校長遴選事宜，教育部、學校及遴委會均須依大學法、教育人員任用條例及校長遴選相關法規審慎執行。
在台大臨時校務會議表現其自主期待後，應即 「依法行政」，督促遴委會依主管機關教育部的意見，處理校長遴選相關事宜，教育部呼籲，台大應依法儘速於5月4日函文意見促請遴委會重啟遴選程序，補正瑕疵，包含今日臨時校務會議所做之決議， 也可一併提供遴委會參考。
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