針對3月3、4日日本公務船噴水追趕台灣東半球28號漁船事件，駐日代表謝長廷指出，雙方政府都曾先後向對方提出抗議，但也都遭到對方拒絕接受。他強調，相關爭議若擴大進而波及雙邊關係，絕非臺日雙方所樂見。
立法院外交及國防委員會就東半球28號漁船（以下稱「東」船）事件，邀請駐日代表謝長廷返國備詢。謝長廷也先就此事提出書面報告說明雙方談判現況與進程。
謝長廷在報告指出，3月3日，「東」船在日本與那國島西北方海域（日本八重山群島北方，臺日漁業協議適用海域外約10浬）遭遇日本水產廳公務船，並遭日方緊追；4日，「東」船在台灣蘇澳外海（日本與那國島西側，我暫定執法線內，臺日漁業協議適用海域外）二度遭遇日本水產廳公務船，日方再次緊追「東」船並發射水砲。日方連續二日緊追「東」船，都因「東」船返回台灣領海而停止。
謝長廷在報告指出，在查證後，3月5日上午，駐日代表處就該案向日方表達關切，呼籲日方以理性冷靜態度處理。同日下午，遵照外交部指示向日方告以，日方公務船對「東」船實施緊追至接近台灣領海附近及噴水干擾等作法過當，就此提出嚴正抗議。日方則復稱其執法有據，不接受我方抗議。
謝長廷說，3月6日中午，日方向代表處表示，「東」船於3日至4日連續在日本主張之「專屬經濟海域」內「違法作業」，並無視日方停船指示而駛離，日方因此依法對「東」船實施緊追與噴水，並就此提出抗議，無法接受台灣質疑日方「作為過當」。台灣駐日代表處則回覆，該海域為台日經濟海域重疊處，在雙方就相關問題達成協議前，日方不應片面對台灣漁船「執法」，台灣方無法接受日方抗議。
謝長廷表示，台灣與日本就臺日重疊海域漁業作業問題之立場仍有差距，但雙方在各執己見之同時，仍同意利用「臺日漁業委員會」等對話機制持續溝通協調，顯見雙方都有意願妥善處理相關問題，因為相關爭議擴大進而波及雙邊關係，絕非臺日雙方所樂見。
