2011年在亮島發現的兩具亮島人，最近有了研究的新進展；國際研究南島語族知名考古學者、澳洲國立大學教授Peter Bellwood在美國加州柏克萊大學出版的《最早的島民:島嶼東南亞人類遷徙史前史》一書中指出，亮島1號人為澳美人種，可能是第一批最早離開非洲的現代智人澳美人種的後代。而越來越多的材料顯示，人類的海洋文明可能早於大河文明；海洋提供了豐富而穩定的食物資源，促使人類的遷徙可能先沿著海岸快速擴散，再深入內陸。
對於這樣的新發現，中研院院士臧振華強調，Peter Bellwood是從亮島1號人(海亮哥)所呈現的屈肢葬姿勢，判斷他與中國東南岸廣西、廣東一帶出土的早期人骨多半呈現屈肢葬是一致的，而埋葬習俗又是文化現象中最不易改變的習俗，而考古所帶來的新發現往往會讓我們很震驚。
另外，在人類學界提出「兩層假說」的日本體質人類學者松村博文教授，也應證了Bellwood 的看法。
松村博文在2016年4月間由洪曉純陪同前往馬祖也進行了兩具亮島人頭骨量測外，也作了小馬遺址人頭骨測量，松村進一步指出了亮島1號人與小馬遺址的人頭骨都是澳美人種；與Bellwood的主張相互呼應。長期在東亞從事體質人類學研究的松村博文表示，這也是他的「兩層假說」在台灣的首次發現。
事實上，在松村博文與Peter Bellwood未進行亮島人的頭骨量測前，2012年底國立清華大學人類學研究所副教授邱鴻霖，就已根據頭骨測量數據與統計分析，判斷兩具人骨屬於南方人種，不論與當代南島族群或古代的南方遺址出土的人骨都具有較高的相似性，特別與日本舊石器時代的沖繩港川人、菲律賓、臺灣的原住民頭骨形態極為接近。並在2012年「金關丈夫文庫贈藏紀念展暨跨領域的南方考古學國際研討會」中與中央研究院歷史語言研究所研究員陳仲玉先生共同發表這個結果。
而在《最早的島民》一書中，華南、台灣、菲律賓等章節，是由Bellwood的台籍學生、澳洲國立大學研究員洪曉純所執筆。洪曉純博士指出，所謂澳美人種，就是現在住在東南亞的土著，例如:菲律賓小黑人、安達曼群島也有一些黑人、日本愛奴人、美拉尼西亞、巴布亞新幾內亞或澳大利亞的土著，他們都是屬於澳美人種。
在《最早的島民》一書中，Bellwood援引亮島人的例子，說明在緊鄰的兩個遺跡出現了兩層文化，亮島1號人屬於中石器時代（已使用陶器，但尚未有農業），亮島2號人屬於新石器時代。
松村博文接受記者訪問時指出，東南亞地區由舊石時代晚期遺存下來的族群主要是澳美人種，他已經在越南、泰國、馬來西亞等地找到澳美人種的蹤跡，台灣則是首次發現，對於研究早期澳美人的擴散與遷徙，亮島1號人提供了重要的證據。他解釋，「二層假說」意指:人類(智人)是從非洲擴散而來，第一次出非洲大約在十萬年到五萬年前，這些智人經由歐亞大陸南側，喜馬拉雅的南面擴散至東南亞，再擴散至亞洲、東亞。他們的子孫像是澳洲的原住民、美拉尼西亞人，或是稱作尼格利陀人的菲律賓少數民族。
第二批「出非洲」的人群，大約是五萬至三萬年前遷徙至亞洲。這群人中，一支擴散到歐洲，另一支從西亞經由喜馬拉雅北邊，橫越西伯利亞，最後終於抵達東亞，這些人就是所謂的蒙古人種，也是東北亞(韓國、日本)的祖先。
松村博文認為，八千年前的亮島1號人，是最初從非洲擴散至亞洲的原始人類。而亮島2號人，則混了由北方南下的蒙古人種，這群人或許就南島語族根源的其中一人。
Peter Bellwood是國際間研究南島語族的著名學者，從1980年代就提出「台灣是南島語族原鄉」看法，二十多年來透過研究不斷修正論說，而「南島語族出台灣說」一直是研究南島語族的主流見解。
而研究尼安德搭人的國際著名遺傳人類學者Mark Stoneking博士和中國醫藥學院講座教授葛應欽、葛明軒父子，則是從分子生物學領域成功找出亮島1號人、亮島2號人粒線體DNA分屬E和R9單倍群，以及亮島1號人的Y染色體、體染色，他們認為，E和R9單倍群出現在台灣原住民遺傳中，亮島人與南島語族(原住民)有著親緣關係，並引起國際人類學界的廣泛討論與爭議；因為粒線體E單倍群在中國大陸並沒有發現，以及葛氏父子後續關於亮島 1號人的Y染色體的研究結果、已檢測出來的兩具亮島人的體染色體完整資料，迄今仍未在台灣公開發表，使得不同領域研究的看法，尚無法交叉驗證，更難聚焦。學界認為，這些屬於國家的珍貴研究資料有必要盡快公開，鼓勵更多人投入研究，建立台灣在南島語族研究領域的發聲與權威性。
「亮島，一個小小島嶼上的小遺址，發現上層和下層是不同的人種，刺激我們思考南島語族的形成過程，如果說南島語的原居地在中國東南沿海，那它的形成是不是單純的一個族群遷移?還是經過外來的族群和原地族群混血融合的過程?」對於南島語族的形成，洪曉純認為，遠比研究者想像的還要複雜。
清大副教授邱鴻霖認為「亮島1號人」是南方人種，澳洲學者Peter Bellwood與日本學者松村博文進一步認為屬於第一批離開非洲的澳美人種。 圖:邱鴻霖、陳仲玉／提供
日本著名體質人類學者松村博文（圖右，藍衣），去(105)年 來到台灣並赴馬祖與台大庫房進行亮島人與在小馬遺址出土人頭骨量測。圖為在馬祖民俗文物館的測量。 圖:澳洲國立大學研究員洪曉純／提供
