尼莎颱風造成全台逾2萬戶停電，各地活動停擺，土石流警戒區緊急撤村，台鐵也宣布因應尼莎颱風挾帶的暴雨強風，前往或從台東、花蓮發車之特定班次將在今(29)日18後停駛，區間車視風雨情形機動行駛。
台鐵局宣布，根據中央氣象局第9號颱風第9報預測，因應颱風情形，29日下午18時前列車行駛調整如下：
西部幹線：
基隆－潮州站間，18時前列車正常行駛。
南下至屏東，自135次自強號(台北站15:00開)開行後，全部停駛；
海線561次(台北站13:46開)、海線521次(台北站16:15開)莒光號停駛。
南下至彰化，山線自273次自強號(台北站15:45開)開行後，全部停駛。
海線自525次莒光號(台北站17:12開)開行後，全部停駛。
北上至基隆，山線自128次自強號(潮州站12:53開)開行後，全部停駛
海線自130次自強號(彰化站16:15開)開行後，全部停駛。
東部幹線：
台北往台東，自408次自強號(台北站07：40開)開行後，全部停駛。
台北往花蓮，自280次自強號(台北站09：40開)開行後，全部停駛。
台東、花蓮往台北，自411次普悠瑪號(台東站07：55開)(花蓮站09：44開)開行後，全部停駛。
南迴線：
新左營往台東，自371次自強號(新左營09:20開)開行後，全部停駛。
台東往新左營，自308次自強號(台東11:10開)開行後，全部停駛。
各支線：
平溪線、深澳線12時後停駛。
內灣線、六家線、集集線、沙崙線18時前正常行駛。
沙崙線18:00後停駛
阿里山線：7月29、30、31日連續三日各級列車停駛。
台鐵局提醒，自發布海上颱風警報起至解除海上颱風警報止，購買上述期間內各級列車車票之旅客，可自乘車日起一年內，持未使用之車票至各車站辦理退票，免收手續費。旅客在出發前可至相關網站查詢列車狀況，以確保旅途順暢。
