由於氣象預報6月1日至6月5日受西南氣流及滯留鋒面影響，全台都要防豪大雨，雖然台南尚無豪大雨，位於台南市區的南區氣象中心日累積雨量僅為0.5毫米，並未傳出任何災情，但台南市水利局已繃緊神經，啟動防汛巡查編組，檢查各區排水路、水門、試運轉移動式抽水機、抽水站及預洩降滯蓄洪池，做好萬全準備，期使災害降至最低。

水利局表示，由於台南市有三分之一的地區屬低窪易淹水的區域，每遇豪雨即很容易積淹水，尤其每年的梅雨季時，更常受滯留鋒面侵襲釀災，水利局除積極利用市府自籌應急工程配合綜合流域治理計畫，來達到外水不溢淹的10年防洪標準外，對人口稠密區的防災應變整備也不敢掉以輕心。

水利局啟動的防汛巡查編組，對51站抽水站做全面檢查，確保72小時連續運轉儲油充足，並試運轉確認機組正常，對已預佈在各低窪地區之300台移動式抽水機也會同負責操作之各區公所檢查操作，油位均正常，後續加油均已準備完成，也通知各單位對所轄滯洪池做預洩降排空池內之蓄水，以利承接這波來襲之豪大雨。

此外，對於去年梅姬颱風造成淹水的災區，例如安南區的十二佃、十三佃社區部落、同安路、安中路口、鹽水溪沿岸的安平、海安路一帶、溪北地區麻豆大小埤里、學甲工業區、沿海地區的青鯤鯓，將軍廣山、龍山聚落等，均已爭取到行政院核准梅姬緊急工程13.6億（包含抽水機組改善、村落防護、內水整治、沿海禦潮等）共計33件工程，目前均已積極推動中。

而去年每遇雨即成災的三爺溪沿岸，經一年來加緊趕工作業已於今年初完成三爺溪右岸虎尾寮北側高低分離工程，將可大幅改善裕農路與裕義路積淹水的情形；三爺溪左岸的連接太子路與土庫抽水站的大發路箱涵也已於今年4月份完工，土庫抽水站增加機組達15CMS，也完成沿岸佈設22台沉水式抽水機，可搭配使用，將可大大改善太子路、虎尾寮一帶的淹水情形；崑山抽水站機組亦組裝完成、試抽完成，如遇豪雨也可有效降低崑山大學周邊淹水的風險。

對目前施工中的在建工程，水利局也緊盯不放，要求做好防汛整備，諸如三爺溪萬代橋至鯽潭橋治理工程河道施工便道已清除完成，施工缺口已用太空包封閉，高工局於萬代橋旁之施工購台，也已清除完畢；虎頭溪帝溪橋上游瓶頸段目前河道已先行清除打開，還未施作護岸部分，已利用鋼板樁及太空包加高保護；海尾寮橋改建工程已改架設施工鋼構台，挖除原來使用之土堤施工台，大幅減少阻水斷面；鹽水區的鹽水排水舊營橋下游整治工程，其河道中之施工材料及機具已要求吊離保持淨空，兩岸並用臨時土堤或太空包堆疊來保護附近聚落。