2016年3月傳出前中研院院長翁啟惠涉入浩鼎公司內線交易，以及貪污等罪嫌，台北士林地檢署在9日偵查終結，宣布翁啟惠及張念慈依貪污罪起訴。而張念慈等5人則依內線交易罪嫌起訴。

2016年2月底浩鼎生技公司宣布新藥解盲失敗，股價隨即大跌。隨後，前中研院長翁啟惠女兒翁郁琇被發現早在消息釋出前賣掉所持有的浩鼎股票，疑似內線交易。隨案情發展又發現翁啟惠收受浩鼎董事長張念慈利益，士林地檢署遂以貪污、內線交易等罪嫌將張念慈、翁啟惠等人列入調查。

台北士林地檢署9日偵結，宣布內線交易部分，浩鼎董事長張念慈等浩鼎5名內部人員，因職務關係知悉重大消息，在消息公開前後18小時內，以個人名意買賣浩鼎公司上櫃股票，違反《證券交易法》。以內線交易罪嫌起訴。而前中研院長翁啟惠，因為罪嫌不足，難以認定有內線交易的犯行，決定不起訴。

而貪污治罪條例部分，士林地檢署指出，張念慈於2011年10月間以1500張浩鼎技術股作為對價關係，使翁啟惠利用職權取得中研院研究資料。又於2012年12月間以3000張浩鼎股票行賄翁啟惠，利用中研院提供號鼎公司技術協助及取得合法授權。翁啟惠則是利用其女翁郁琇收受股票，企圖掩人耳目。因此認定張念慈及翁啟惠等人涉犯貪汙治罪條例，提起公訴。

士林地檢署表示，翁啟惠身為國家最高學術機關中研院的院長，卻辜負了國家與人民的寄託，為一己之私利而背於公務員之廉潔義務，於執行職務其間收受賄賂，「敗壞國家官箴」，要求量處適當之刑，以儆效尤。