總統馬英九建議民進黨總統當選人蔡英文以多數黨組閣，以因應過渡政府的空窗期，但遭蔡拒絕。由於行政院長毛治國也提出辭呈並表明不接受慰留，馬英九18日強調，要內閣以大局為重，堅守崗位，但毛治國似乎辭意已堅，他將請假到交接為止，這段期間的政務將由副院長張善政處理。
馬英九在選前即拋出多數黨組閣的建議，而閣揆毛治國則在選舉還未開票完成時，就先提出辭職，但蔡英文不願在馬政府仍領軍的狀態下接爛攤子，已拒絕馬的提議。不過，馬並未放棄，不但再要求蔡多加考慮，還順便要毛治國在總辭批准前，以國家大局為重，堅守崗位。
而毛治國下午召開臨時院會帶領內閣總辭，他於院會中致詞時指出，為了尊重新的民意，並確保國家未來政務的順利推動，他已向總統請辭，並安排下午率領內閣進行總辭。他強調，選舉是一時的，國家是永遠的；全體國人原本就是一家人，家人之間必需要相互理解與尊重，才能攜手向前。而他的比賽已經結束，該打的仗也已經打完，他擔任公職多年，很少請假，現在該陪陪家人。即日起，他將請假靜候交接，請假期間請副院長張善政代理院長，未來他將會投入社會公益工作。
由於總統府下午特地發布新聞稿指出，馬英九中午到毛治國寓所卻撲空，但還是轉達要毛繼續工作，毛治國帶領內閣出來拍大合照時指出，他的意見跟看法，在聲明稿裡已說的非常清楚，目前並沒有其他補充意見。
行政院發言人孫立群則補充說明，中午時馬英九總統曾到院長寓所，但2人並沒見到面，毛治國對於個人請辭以及率內閣完成總辭，這樣的心意自始至終沒改變過，毛也懇請社會各界會尊重新的民意，建立多數黨組閣，和責任政治的憲政慣例，這樣子才是國家跟人民之幸。
由於院長請假，再加上18日下午已召開臨時院會，因此，行政院會週四(21日)暫停召開，毛治國也會請假到交接為止，由張善政暫代。不過，對於新國會2月即將開議，屆時內閣將由誰到立院進行施政報告，仍未有定論。
