針對周子瑜事件引發國人關注，總統府發言人陳以信16日表示，總統馬英九對於此事發展感到遺憾，對於周子瑜的遭遇也感到於心不忍，尤其每一位國民對中華民國的認同，對於青天白日滿地紅國旗的情感，都不該受到如此傷害，兩岸人民情感也不該受到刻意挑撥。 
 
在韓國演藝圈發展的16歲女孩周子瑜，近期因在節目中揮舞國旗，遭藝人黃安舉報為「台獨份子」，引發中國人的批判，甚至揚言封殺。在公司股價下跌下，老闆JYP15日晚間發表道歉聲明，還發布一段周子瑜道歉，承認自己是中國人的影片，引發全國民眾憤怒。
 
對此，陳以信強調，馬總統已請外交部與陸委會，釐清韓方與中方在此事中的角色，並清楚表達政府嚴正立場，要求對方嚴肅面對。馬總統並呼籲中國當局與人民，應該認知到，「真心擁抱中華民國的人，當然不是支持台獨」，雙方應珍惜當前得來不易的交流成果，不要誤判。