針對監察院彈劾一事，台南市長賴清德4日下午舉行記者會，嚴正表達無法接受，並向監察院提出3點質疑，請監察院清楚向社會說明。他並向台南市民再次承諾，掃除黑金，改革地方政治的決心絕對不變，以此向市民負責。
賴清德表示，他的第1個質疑是監察院彈劾的根據何在？根據司法院大法官釋字第498號解釋「地方自治為憲法所保障之制度。基於住民自治之理念與垂直分權之功能，地方自治團體設有地方行政機關及立法機關，其首長與民意代表均由自治區域內之人民依法選舉產生，分別綜理地方自治團體之地方事務，或行使地方立法機關之職權，地方行政機關與地方立法機關間依法並有權責制衡之關係。中央政府或其他上級政府對地方自治團體辦理自治事項、委辦事項，依法僅得按事項之性質，為適法或適當與否之監督。地方自治團體在憲法及法律保障之範圍內，享有自主與獨立之地位，國家機關自應予以尊重。」
依據上述解釋，地方政府與民意機關屬制衡性質，而中央政府僅能就特定事項為適法性或適當性的監督，府會間的爭議，並非監察權行使的對象。監察院的彈劾案未指明他有任何具體的行政違失證據，只見欲加之罪的扣帽子，他要請監察院向社會說明彈劾的根據何在？
賴清德並指出，他的第2點質疑是為何監察院甘冒違憲擴權、傷害民主的大不諱，選擇性彈劾台南市長，卻怠忽職守，放任八仙塵爆、苗栗縣敗壞財政與教育部強推違法課綱，讓年輕學子喪失寶貴生命而不管，選擇性辦案？依據憲法第44條的規定「總統對於院與院間之爭執，得召集有關各院院長會商解決之。」即中央5院的爭議的調解權在總統。因此，地方自治團體府會的爭議調解權在行政院。地方府會互動關係，應由地方府會政治力自行發展解決，或經由行政訴訟、或經由地方制度法的上級機關協調解決，實無監察權介入的空間。監察院針對此案彈劾顯係擴權，地方政府並非不受監察院監督，但監督標的是屬於行政權行使，例如過去監察院因台中衛爾康餐廳大火展開調查並彈劾林柏榕，才是監察院應介入調查的事項。
賴清德說，他的第3點質疑是，此事件中真正傷害台灣民主的是李全教賄選，監察院卻本末倒置彈劾他。請問，當李全教當選無效官司定讞時，監察院將如何向他及社會、台南市民交待？李全教因議員與議長的雙重賄選而取得權力，議員部分，他的競選總幹事黃澄清及樁腳等5人已被台南地院判處5年不等的刑期，李全教也被提起議員當選無效之訴，議長賄選部分，除了遭羈押、鉅額交保，也被檢察官提起賄選之訴。李全教因賄選取得議員資格之不法事實，隨著司法程序的進行，已逐漸明朗，其權力取得既然不法，其權力行使自然不具正當性。
賴清德同時強調，「堅持改革，捍衛台灣」是他棄醫從政的理念，而政治從地方開始，為了維護台南人的尊嚴，為了讓台南這塊民主聖地不被蒙羞，他不計毀譽，在李全教官司未釐清前不進入議會，不會因為監察院的動作而動搖。
