對於總統馬英九8日稱新課綱「爭議處頂多100多項」一事，國教院9日中午緊急澄清，若依課綱「主題」變動數計算，主要爭議僅6項；若依課綱「重點」變動數計算，主要爭議則有17個小項。

總統馬英九8日出席台大「高中生政治營」，有學生詢問近日沸沸揚揚的微調課綱爭議。馬英九回應，若課綱內容超過一半比例有爭議，確實應該撤回課綱，「但現有問題沒有那麼多，大概100多項」，有些也沒有錯。因此他認為以比例原則來看，沒有撤回必要。

對此，國教院9日發出聲明稿，解釋馬是以慰安婦、光復及接收用詞、臺灣人抗日、228事件及白色恐怖等例子，說明課綱微調的主張並沒有錯，按比例原則，課綱微調不需要暫緩實施。

然而，國教院強調，高中歷史科課綱微調修正文字的地方甚多，但不是所有修正都有爭議。馬在回答時所說「爭議處頂多100多項」。事實上，經國家教育研究院之統計，確有多處修正差異，但依課綱「主題」變動數計算，主要爭議在於原住民族、漢人來臺與國際競逐時期、明鄭統治、日本殖民統治、光復臺灣等歷史用詞及歷史事件依時序脈絡敘述等6項。

此外，若依課綱「重點」變動數計算，主要爭議在於漢人來臺與大航海時代、荷西入臺、臺人與抗日戰爭及中華文化與多元文化發展等4大項，總共17個小項，說明如下︰

1.   「原住民」改為 「原住民族」，有消滅平埔族的爭議

2.   「國際競逐時期」改為 「漢人來臺與國際競逐時期」

3.   「鄭氏統治」改為 「明鄭統治」

4.   「日本統治」改為 「日本殖民統治」

5.   「接收」臺灣 改為 「光復」臺灣

6.   當代臺灣架構從主題式 改為 依時序脈絡敘述

7.   「大航海時代」改為 「漢人來臺與大航海時代」

8.   「荷西治臺」改為「荷西入臺」

9.   新增 「臺人與抗日戰爭」

10. 「多元文化發展」改為 「中華文化與多元文化的發展」

11. 刪除濱田彌兵衛事件、麻荳事件

12. 「清代治臺政策」改為 「清廷治臺政策」

13. 鴉片戰爭迫使清廷開港通商的敘述爭議

14. 臺灣成為當時全中國最先進的省份，說法有爭議

15. 臺灣與甲午戰後晚清變法運動與辛亥革命之互動，包括孫中山來臺尋求臺人支持，以及臺人參與革命及中華民國之建立。

16. 新型態本土知識菁英的形成，及其受到五四運動、新文化運動的影響與作為

17. 「慰安婦」改為 「婦女被強迫做慰安婦」

國教院強調，該院看重各方不同的聲音，期待社會各界的理性溝通，並以學生的歷史素養為大家共同努力的方向，在中道中尋求不同意見之間的平衡點。如教育部部長吳思華多次重申，非常樂意和學生持續溝通對話，希望各方能包容不同意見，未來新舊教科書併行，存異求同，尋求社會最大共識。