行政院政務委員杜紫軍30日召開房地合一稅草案審查會，雖然會中通過稅基相減、重購退稅優惠及課稅方式等事項，不過較具爭議的日出條款、稅率、長期減徵及自用住宅免稅門檻等均未決議，聲稱留待政策決定；政院官員透露，由於公民團體與建商業者團體意見差距太大，房地合一稅的爭議條文將靜候院長毛治國向總統報告後才能拍板。
政院昨日會中，確立4項立法原則；包括採房地收入扣除成本及公告土地現值的「稅基相減」方式課稅；在個人重購退稅方面，除了現行的小屋換大屋外，大屋換小屋也能按比例退稅；課稅方式則是採個人分離課稅，於所有權完成轉移登記之次日的30日內申報；並確定增列未申報之行為罰則，以確保納稅義務人按規定報繳稅額。
然而，外界最關心的稅率問題、日出條款存廢、自用免稅住宅金額門檻及長期持有優惠等爭議事項，均因政務委員不敢做成決策而「留待政策決定」。
財政部長張盛和日前證實，經過三場公聽會後「房地合一稅率將微調，將等行政院核定後拍板」；財政部官員指出，出售持有滿兩年以上、十年以下房產，稅率擬從原訂十七％調高至二十％，超過十年者長期持有優惠則改為固定稅率，稅率為十二％，不再採逐年減徵。
另外，新版房地合一稅擬新增出售持有未滿一年房產課徵卅五％稅率，張盛和指出，因應奢侈稅退場，有人建議應針對短期出售房產課徵重稅，財政部願意採納，但稅率該訂多少，目前還在研議。
財政部三場房地合一稅制座談會已辦理完畢，最新修正版本將於本週送行政院審議。中華財政學會理事長朱澤民表示，房地合一稅制單一稅率十七％的確有上調空間；此外，據傳民進黨也認為稅率過低，有意另推較高稅率的版本，因此財政部內部研議，擬將現行十七％稅率調高為二十％。
長期持有優惠部分，財政部原規劃持有第三年起，每年減徵四％，最高減徵八成。但多數與會者認為，減徵是為了避免出售長期持有房產，卻因累進稅率遭課徵高稅負，財政部方案採單一稅率，就沒有被課高稅率的問題，「就算是採累進稅率的韓國，對長期持有優惠最高也才減徵三成」。
因此，財政部擬採納與會者建議，將長期持有優惠進行調整，出售持有二至十年房產，稅率調整為二十％；持有十年以上，稅率則降為十二％，藉此鼓勵長期持有。
針對日出條款時點，部分學者認為，新制應回溯自實價登錄上路後取得的房產，但朱澤民認為，有違信賴保護原則；財政部也認為，新版房地合一稅率從十七％調高為二十％，已經加重民眾稅負上的負擔，若再溯及既往，可能引發更多民怨，因此維持既定規劃，新制上路後取得的房產才適用。
至於自用住宅以總價四千萬元為免稅門檻，引發民進黨主席蔡英文等人的抨擊，但對連鎖仲介代銷業者而言衝擊很大，加上建商也反對，於是部分學者在公聽會中認為可改以房屋坪數作為門檻，但財政部長張盛和表示，城鄉房價差距大，坪數作為門檻不可行，為避免衝擊過大，課稅門檻將不降低。
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