人質事件重傷日本上下，日本政府亡羊補牢，除了積極加強海外日本人民的安全保障措施外，也開始徹底執行機場等重要設施的安全警備，嚴格執行海關審查等入境前的防治措施，並建立緊急與海外日本人學校的聯絡體制。
受到激進派組織「伊斯蘭國（IS）」挾持日本人質事件的影響，日本政府日前在首相官邸設立防恐對策總部，因應國際性組織犯罪及恐怖攻擊。由於IS警告：「不管你的國民身在何處，都會遭到殺害。日本的惡夢正要開始。」官員表示，隨著東京將於2020年舉辦奧運，恐怖攻擊對日本國內造成威脅「已是相當現實的問題」。
因此，日本不僅加強海關審查，也徹底執行機場、公共交通機關、以及美國大使館等「重要設施」的防恐措施。首相安倍晉三指示強化日本人學校的安全警備，目前已就中東地區日本人學校設置24小時專用聯絡電話；出入境管制方面，將善用國際刑警組織（ICPO）所建立的遺失及遭竊護照資料庫，財務省也指示各金融機關防範恐怖組織的資金交易。
