據BBC新聞網指出，日本兩大航空公司日本航空公司(JAL)和全日空航空公司(ANA)，已經在未知會政府的情況下，分別在23日和24日向中國提交了部分通過東海中國防空識別區航線的飛行計畫書，形同接受中國劃定的防空識別區。2家航空公司表示，這個決定是基於保障乘客生命安全的考量。
日本內閣官房長官菅義偉在今(26）日的外務省記者會中指出，已經通知日籍航空公司中國的防空區「不具任何效力」，並要求航空公司別理會，按照既有航線規則處理即可。而外相岸田文雄也在記者會上表示，日本已勸阻日航及全日空對中國提交計劃書。然而，儘管日本政府拒絕承認中國的防空區，日航和全日空仍決定在未告知政府的情況下，分別於23日及24日先行向中國政府遞交飛行計畫書。
日航和全日空的說明指出，他們向中國提交的飛行計畫書是包含台灣、香港航線和部分因天氣狀況需要變更的東南亞航線，而提交計畫書的舉動並不會改變這些航線現行的起降時間。
日本《產經新聞》今天也引述中國國防大學教授孟祥青的說法指出，外國飛機如進入中國防空區，中國防空導彈部隊也將進入警戒狀態。日航發言人因此表示，遞交飛行計畫書是為了避免遭到攔截而引起安全問題，他們無法拿乘客性命冒險，因此遞交計劃書是唯一選擇。
據悉，飛行計畫書是指航空器在起飛前，要呈交航管單位的計劃書，而必須航管單位許可後才可實施飛行，內容包含飛行員姓名、地址、航空器廠牌、型號與編號、出發地、航線、預定飛行時間與目的地、搭乘人員與可供應航空器燃料的時間等，資料鉅細靡遺。
中國劃定東海防空區以後，各國航線在領域內的航班都必須提交飛行計畫書，並在通過防空識別區時與中方管制部門進行無線電通話。
日本外務省事務次官齋木昭隆週一傍晚已經召見了中國駐日大使程永華表達抗議，但程永華回應指出，防空識別區並不是國際上的新事物，已有不少國家有此措施，中國這次的措施並不針對特定國家，也並不影響民間航空公司的航行自由。
然而，中國此舉無疑已經使東海地區的中日緊張關係更加升級。BBC新聞網也指出，中國駐日使館近日已經在其網頁上呼籲僑民登記姓名電話等緊急聯絡方式「以防重大事件」，引起中國準備撤僑的揣測。
除了日本之外，美國國防部也已聲明不會改變現有東海軍事訓練空域，而日本向美國提供軍事訓練的沖繩北部和釣魚島附近的赤尾礁、黃尾礁等3個空域也在中國劃設的東海防空識別區範圍之內。
