陸委會金（13）天下午發表澄清聲明，指「兩岸兩會互設辦事機構」係以服務兩岸人民為宗旨，其定位為兩會的分支機構，同時也是建構兩岸穩定與制度化互動模式，促進兩岸關係朝正向發展的重要指標。其設置既不涉及政治前提，更不會探討政治議題。
行政院院會11日通過｢大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在臺灣地區設立分支機構條例草案｣，並送請立法院審議。但草案內容遭到在野黨及媒體的質疑。民進黨前主席蔡英文上午即表示，兩岸互設辦事機構已涉及到兩岸政治問題商談，凡此涉及雙方的主權問題，也必然觸及到政治層面的協商，馬政府絕不能模糊以對，以免對我國家主權造成難以彌補的傷害。
陸委會因此發表聲明，強調這項設置既不涉及政治前提，更不會探討政治議題。
對於外界質疑該草案內容採概括授權方式，有空白授權之嫌。陸委會表示，兩岸條例也採取相同的立法體例；同時，係考量本案雙方刻正進行溝通與協商，其具體內容涉及兩岸互動，尚待雙方協商確認，為符合法律保留原則並確保我方談判空間，因此相關辦法及授權事項，於協商確定後，將報請行政院核定，並依中央法規標準法及立法院職權行使法之規定，踐行國會監督程序。
至於草案中訂有｢保障及便利措施｣等規定，陸委會指出，這是基於便利執行職務之需求，且須基於對等原則，尚待雙方協商確定其具體範圍及內容，以中方亦賦予我方分支機構同等之保障及便利措施者為限，再行報請行政院核定。「換言之，沒有尊嚴對等，就不會有相關的保障及便利措施。」
陸委會表示，有關這項草案的立法相關事宜，政府就法制面與執行面一定會進行充分準備及完善配套，在協商過程 中也將秉持對等、尊嚴的原則，就協商進度與協商共識，以公開透明之原則，充分與國會、社會進行溝通、說明，減少民眾的疑慮。
陸委會在澄清聲明中表示，去年在第八次江陳會談中，兩會已經同意就｢兩岸兩會互設辦事機構｣議題進行意見溝通，且各自進行規劃、評估與研究。而且，依民意調查結果顯示，有高達7成的民眾贊成海基會與海協會互設分支機構，因此，政府將其納入優先推動大陸政策之重點工作之一。
