針對「宇昌案」日前經特偵組偵結，還了前民進黨主席蔡英文的清白，但前財政部長劉憶如卻指稱，當初會查宇昌案，是副總統吳敦義擔任行政院長時的口頭指示，吳敦義今(16)日在飛往多明尼加的飛機上，接受媒體訪問時指出，「劉憶如時任經建會主委兼國發基金的召集人，她簽報該解密公文是依照立法院決議依法執行，我依法同意，過程就是這樣。」同時，吳敦義也否認，曾口頭主動要求劉憶如調查宇昌案。
吳敦義說，該密件是由前政務委員何美玥加密的，依據機密文件處理法的規定，不能隨便公開，但立法院希望該密件能被公開，「所以我依法同意經建會簽報的解密公文」。
對於劉憶如的說法，吳敦義認為，這是文字表達的問題，「因為我是行政院的首長，所以我核准該解密公文，行政院的密件必須要院長核准才能依法解密，我核准同意後公開，我們一切都依照正常規範走。」
